结论：借款若被认定为非法集资，已支付的利息能否抵扣本金需分情况讨论，不能一概而论。
一、非法集资的认定与法律后果
非法集资通常指未经批准，向社会不特定对象吸收资金，并承诺还本付息或给予回报的行为。若借款被认定为非法集资，根据《防范和处置非法集资条例》等相关规定，非法集资人需承担行政责任或刑事责任，且集资参与人可能面临资金损失风险。但非法集资的认定不影响借款合同中利息与本金的基本法律关系，但可能因合同无效或违法性导致利息处理方式变化。
二、利息能否抵扣本金的分情况讨论
借款合同无效的情形
- 若借款合同因违反法律、行政法规的强制性规定（如非法集资）被认定无效，根据《民法典》第一百五十七条，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还。此时，借款人已支付的利息应视为“取得的财产”，可主张返还并抵扣本金。
- 举例：甲向乙非法集资100万元，约定年利率20%，乙已支付利息20万元。若合同无效，甲需返还乙100万元本金，乙已支付的20万元利息可抵扣本金，最终甲仅需返还80万元（若未产生其他损失）。
借款合同有效的情形
- 若借款合同虽涉及非法集资，但未被直接认定无效（如部分非法集资案件中，合同效力需单独审查），则需按合同约定处理利息。但若利息超过法定上限（如LPR的4倍），超出部分无效，借款人可主张抵扣本金。
- 举例：甲向乙借款100万元，约定年利率30%（超过LPR4倍），乙已支付利息30万元。若合同有效但利息违法，甲可主张超出部分（假设LPR4倍为15%，则超出15万元）抵扣本金，最终需返还本金85万元及合法利息。
刑事追缴与民事返还的竞合
- 若非法集资案件进入刑事程序，根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物应予以追缴或责令退赔。此时，借款人已支付的利息可能被纳入追缴范围，用于返还集资参与人（包括出借人）。但追缴不影响借款人另行通过民事诉讼主张利息抵扣本金，需根据具体案情协调处理。
三、实务建议
- 立即停止支付利息：若怀疑借款涉及非法集资，应立即停止支付利息，避免扩大损失。
- 收集证据：保留借款合同、转账记录、利息支付凭证等证据，以证明资金往来事实。
- 咨询专业律师：非法集资案件涉及刑事与民事交叉问题，需结合具体案情分析合同效力、利息处理及刑事责任风险。
- 参与刑事程序：若案件进入刑事阶段，积极配合调查，申报债权，争取通过追缴程序挽回损失。
总结：借款被认定为非法集资时，利息能否抵扣本金需根据合同效力、利息合法性及刑事程序进展综合判断。建议立即停止支付利息，收集证据并咨询专业律师，以制定最优维权策略。