结论：明知借款会侵害善意第三方的利益，该借款合同在一般情况下是不合法的，可能因违反法律强制性规定或公序良俗原则而无效。不过，具体还需结合实际情况判断。

分析说明：

1. 合同合法性的基本判断：

   • 合同作为民事法律行为，其合法性首先取决于是否违反法律、行政法规的强制性规定，以及是否违背公序良俗原则。若明知借款行为会侵害善意第三方的利益，这通常意味着该借款行为可能涉及欺诈、恶意串通等违法行为，或者违背了社会公共利益和道德准则。
   • 在此情况下，借款合同很可能因违反法律强制性规定或公序良俗原则而被认定为无效。无效的合同自始没有法律约束力，当事人因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

2. 具体情形的考量：

   • 恶意串通损害第三人利益：如果借款双方明知借款行为会损害善意第三方的利益，且双方存在恶意串通的情况，那么该借款合同不仅无效，还可能涉及法律责任。根据《民法典》的相关规定，恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的民事法律行为无效，且行为人因该行为取得的财产，应当予以返还或折价补偿；有过错的，还需承担赔偿责任。
   • 欺诈或胁迫：如果借款行为是通过欺诈或胁迫手段迫使第三方放弃其权益，那么该借款合同同样可能因违法而无效。在此情况下，受欺诈或胁迫的第三方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该合同，并要求赔偿损失。
   • 公序良俗原则：即使借款行为没有直接违反具体的法律条文，但如果它违背了社会公共利益和道德准则（即公序良俗原则），那么该合同也可能被认定为无效。例如，借款用于非法活动或损害社会公共利益的情况。

3. 法律后果与责任承担：

   • 一旦借款合同被认定为无效，借款人需要返还借款本金及可能产生的利息（如果利息不违法的话）。同时，如果借款人或出借人存在过错（如恶意串通、欺诈等），他们还需要承担相应的赔偿责任。
   • 对于善意第三方而言，他们有权要求借款合同的双方承担因合同无效而给自己造成的损失。如果善意第三方已经因借款合同而遭受了实际损失（如财产损失、名誉损害等），他们可以通过法律途径追究借款合同双方的责任。

建议与行动指南：

• 对于借款人：在借款前应充分了解借款用途和资金流向，确保借款行为合法合规。如果明知借款会侵害善意第三方的利益，应坚决拒绝借款，以免陷入法律纠纷。
• 对于出借人：在出借资金前应对借款人的信用状况和还款能力进行充分调查，并要求借款人提供合法的借款用途和还款计划。同时，应避免与借款人恶意串通或参与欺诈行为，以免承担法律责任。
• 对于善意第三方：如果发现自己的权益因借款合同而受到侵害，应及时收集证据并寻求法律援助。可以通过向人民法院提起诉讼或申请仲裁等方式来维护自己的合法权益。

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