合同中的特别约定，只要内容合法合规、经过双方平等自愿协商且意思表示真实，即具有法律效力，并在特定情况下优先于一般条款适用。以下是对这一结论的详细分析：
一、法律效力的体现
优先适用原则：
- 特别约定是合同双方针对特定情况或特定事项协商一致的结果，它更能反映双方的真实意图。因此，在合同履行过程中，当特别约定与一般条款发生冲突时，特别约定的内容通常会被优先适用。
补充和细化合同：
- 一般合同条款往往具有通用性，难以覆盖所有特殊情况。特别约定则可以对合同中的关键事项，如履行方式、违约责任、争议解决方式等，进行具体说明和补充，使合同内容更加明确和具体，减少因理解分歧而产生的纠纷。
意思自治原则：
- 特别约定充分尊重了双方的自主意愿，允许在法律框架内自由协商合同内容。这既满足了合同双方的多样化需求，也体现了法律对合同自由原则的尊重。
二、合法有效要件
要使合同中的特别约定具备法律效力，必须满足以下条件：
主体适格：
- 合同双方必须具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。这是合同有效的基础前提。
意思表示真实：
- 双方在达成特别约定时，应基于真实意愿进行协商，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订合同时存在欺诈或胁迫行为，那么该特别约定可能因意思表示不真实而被认定为无效。
内容合法合规：
- 特别约定的内容不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。同时，不得违背公序良俗。如果特别约定违反了这些原则，那么它将被认定为无效。
三、特别约定与格式条款的区别
格式条款：
- 如果特别约定被认定为格式条款（即一方预先拟定并重复使用的条款），且该方未对其中的关键内容进行提示和明确说明，那么该条款可能不产生效力。因为格式条款往往存在一方利用优势地位制定不利于对方条款的情况，所以法律对格式条款的效力有更为严格的规定。
非格式条款：
- 如果特别约定是双方共同协商拟定的非格式条款，那么只要内容合法合规且双方意思表示一致，即具有法律效力。这种情况下，特别约定更能体现双方的真实意图和协商结果。
四、实际应用中的注意事项
明确约定内容：
- 在签订合同时，双方应明确特别约定的内容，避免使用模糊或歧义的表述。这样可以减少因理解分歧而产生的纠纷。
保留协商证据：
- 双方应保留好协商特别约定的过程和证据，如邮件、聊天记录、会议纪要等。这些证据在后续合同履行或纠纷处理过程中可能起到关键作用。
及时咨询专业意见：
- 如果对特别约定的法律效力或内容存在疑问，建议及时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
总结来说，合同中的特别约定在内容合法合规、双方平等自愿协商且意思表示真实的情况下具有法律效力，并在特定情况下优先于一般条款适用。在签订合同时，双方应明确约定内容、保留协商证据，并在必要时咨询专业律师的意见。如果您在合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。