合同特别约定条款与普通条款的主要区别在于它们的性质、内容、法律效力及适用顺序。以下是详细分析：
一. 性质与内容
特别约定条款：这些条款是合同双方当事人在一般条款之外，根据具体交易情况和需求，经过协商一致后特别约定的。它们对合同的具体内容进行补充、细化或作出特殊安排，以满足特定交易中的特殊需求。例如，在设备采购合同中，双方可能特别约定支付的具体条件和时间节点。
普通条款：普通条款是合同中除主要条款（如当事人信息、标的物等）以外，用于细化合同内容、规范双方行为的其他条款。这些条款虽非核心，但对合同的完整性和可执行性至关重要，如定义条款、质量条款、数量条款等。
二. 法律效力与优先级
特别约定条款：依法成立的特别约定条款对当事人具有法律约束力，并且其法律效力优先于一般条款。在解释和适用合同时，应首先适用特别约定条款。
普通条款：普通条款同样具有法律效力，但在与特别约定条款发生冲突时，应优先适用特别约定条款。普通条款为合同的履行和争议解决提供了明确的指导，但在效力上让位于特别约定条款。
三. 制定与注意事项
特别约定条款：在制定时，应确保条款内容具体、明确，详细阐述双方的权利和义务，以及具体的操作流程和标准。同时，必须遵循法律法规、公平合理原则及反映当事人真实意愿。
普通条款：普通条款的制定也应遵循法律法规，并确保条款内容准确、全面。在合同签订时，双方应充分重视并认真考虑这些普通条款的内容。
总结：特别约定条款与普通条款在合同中都扮演着重要角色，但它们在性质、内容、法律效力及适用顺序上存在明显差异。特别约定条款更具针对性和特殊性，其法律效力也优先于普通条款。在签订合同时，双方应根据具体交易情况和需求，合理约定特别条款和普通条款，以确保合同的顺利履行并避免潜在纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。