若农村集体合作社的法定代表人不同意撤诉，可按以下步骤处理：

1. 审查撤诉的合法性与必要性
   首先需明确撤诉的法律依据及程序要求。根据《民事诉讼法》第148条，原告撤诉需经法院审查后裁定是否准许。若撤诉系合作社真实意思表示（如通过成员大会决议），但法定代表人拒绝执行，可进一步分析：

   • 决议效力：若撤诉决议已通过合作社章程规定的民主程序（如成员大会或理事会表决），且决议内容不违反法律强制性规定，则该决议对合作社具有约束力，法定代表人应执行。
     
   • 法定代表人权限：若法定代表人超越职权范围拒绝撤诉（如无合法理由或未获授权），其行为可能构成越权代表，合作社可通过内部程序纠正。

2. 内部救济途径

   • 召开成员大会或理事会：若撤诉决议已通过合法程序，可再次召开会议明确撤诉意图，并形成书面决议要求法定代表人执行。若法定代表人仍拒绝，可依据合作社章程对其提出罢免或追责。
     
   • 修改章程或授权文件：若章程或授权文件存在漏洞（如未明确撤诉决策权归属），可通过修改章程或重新授权的方式明确撤诉决策流程，限制法定代表人单方决定权。

3. 外部法律程序

   • 申请法院强制撤诉：若合作社已形成有效撤诉决议，但法定代表人拒绝配合导致无法向法院提交撤诉申请，可由合作社作为诉讼主体，通过另行出具授权委托书（由其他合法代表签字）或由理事会成员共同签署撤诉申请，向法院说明情况并申请撤诉。法院将审查决议合法性后作出裁定。
     
   • 追究法定代表人责任：若法定代表人无正当理由拒绝撤诉且给合作社造成损失（如额外诉讼费用、声誉损害等），合作社可依据《合作社法》或章程规定，通过诉讼要求其赔偿损失。

4. 特殊情形处理

   • 法定代表人个人利益冲突：若法定代表人因个人利益（如与案件对方存在关联）拒绝撤诉，合作社可向法院说明情况，申请更换法定代表人或直接由其他合法代表参与诉讼。
     
   • 紧急情况下的临时措施：若撤诉需立即执行以避免重大损失（如诉讼时效届满前），合作社可紧急召开成员大会形成决议，并由理事会成员共同向法院提交撤诉申请，同时附上决议文件作为佐证。

行动建议：

1. 立即审查合作社章程及撤诉决议的合法性，确认决策程序是否完备；
   
2. 召开成员大会或理事会，形成书面文件要求法定代表人执行撤诉决议；
   
3. 若内部沟通无果，尽快向法院提交撤诉申请（附决议文件），并说明法定代表人拒绝配合的情况；
   
4. 评估是否需通过诉讼追究法定代表人责任，以维护合作社权益。
   

如有进一步细节（如章程具体条款、撤诉决议形成过程等），可提供更多信息以便针对性分析。