关于您女儿16岁和一个男孩同居是否违法的问题，这主要取决于多种因素，包括您女儿的自愿性、双方对同居法律后果的认识，以及是否存在其他特定违法行为。以下是对此问题的详细分析：

1. 自愿情况下的同居：

   • 合法性基础：16周岁的女孩在法律上已具备独立表达意愿的资格，有权自主决定是否与他人同居。如果双方都是自愿在一起同居生活，且对同居的法律后果有清晰的认识，那么这种行为在法律上通常不被视为违法。
   • 注意事项：尽管法律上不视为违法，但过早的同居生活可能对女孩的身心健康和未来产生不利影响。作为家长，您应尊重女儿的意愿，但同时也应引导她树立正确的价值观和人生观，避免过早涉足复杂的情感关系。

2. 非自愿情况下的同居：

   • 强奸罪：如果16岁女孩并非自愿同居，而是受到暴力、胁迫或其他非法手段的影响，那么这种行为将涉嫌强奸罪。根据《中华人民共和国刑法》的规定，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
   • 非法拘禁罪：若同居过程中存在非法拘禁或以其他方法非法剥夺女孩人身自由的行为，也将受到法律的制裁。

3. 特殊情形下的同居：

   • 限制民事行为能力人：若16岁女孩因精神状况等原因属于限制民事行为能力人，其与他人同居的行为严重损害其身心健康，而您作为监护人明确反对的，与女孩同居的行为可能会侵犯您的监护权。您可以通过法律途径维护权益，如向法院申请禁止令等。
   • 特殊身份人员：如果同居者是对16岁女孩负有监护、收养、看护、教育、医疗等特殊职责的人员，与该女孩发生性关系，即使女孩自愿，也构成负有照护职责人员性侵罪。依据刑法规定，犯该罪的，处三年以下有期徒刑；情节恶劣的，处三年以上十年以下有期徒刑。
   • 重婚罪：如果同居双方或其中一方已婚，并以夫妻名义同居，将涉及重婚罪的问题，这是明确违法的。

总结与建议：

• 在任何情况下，都应严格遵守法律法规，尊重未成年人的意愿和权益。
• 作为家长，您应与女儿进行深入沟通，了解她的想法和行为动机，并对其进行正确的价值观和道德教育。
• 如果发现女儿或对方存在心理问题或行为偏差，应及时寻求专业心理咨询师或医生的帮助。
• 若您认为女儿的同居行为可能涉及违法或侵犯其权益，应及时向公安机关报案或寻求法律援助。

最后，我想强调的是，法律是保护未成年人权益的重要工具，但更重要的是家庭和社会的关爱与引导。希望您能与女儿建立信任关系，共同面对成长中的挑战。如果您有任何进一步的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。