结论：在石坑里磨碎破轮胎废料并做好防护再拉走这一行为，是否违法需根据具体情况判断，主要涉及环境保护、废弃物处理及土地使用等方面的法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、环境保护角度
废弃物处理规定：
- 根据《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》等相关法律法规，处理废弃物（包括废旧轮胎）需遵循特定的环保标准和程序。若磨碎轮胎废料过程中产生粉尘、噪音或其他污染物，且未采取有效措施进行防治，可能构成环境污染，从而违法。
- 建议：在磨碎过程中，应确保采取有效的防尘、降噪措施，如安装除尘设备、使用低噪音设备等，以减少对环境的污染。
废弃物运输规定：
- 运输废弃物需遵守相关的运输规定，包括使用合规的运输工具、采取必要的防护措施以防止废弃物泄漏或散落等。若运输过程中未做好防护，导致轮胎废料散落或泄漏，可能对环境造成污染，从而违法。
- 建议：在运输前，应确保运输工具符合环保要求，并采取必要的防护措施，如使用密封容器、覆盖防尘网等。
二、土地使用角度
土地用途限制：
- 若石坑所在土地为农用地、林地或其他特定用途土地，未经批准擅自改变土地用途进行磨碎轮胎废料活动，可能违反土地管理法律法规。
- 建议：在进行此类活动前，应了解并遵守土地用途的相关规定，确保活动符合土地规划和使用要求。
土地复垦义务：
- 若磨碎轮胎废料活动对土地造成了破坏，根据相关法律法规，使用者可能负有土地复垦的义务。若未履行复垦义务，可能面临法律责任。
- 建议：在活动结束后，应对土地进行复垦，恢复其原有功能或达到可利用状态。
三、其他可能涉及的法律规定
安全生产规定：
- 若磨碎轮胎废料活动涉及机械操作、易燃易爆物质等，需遵守安全生产法律法规，确保活动安全进行。
- 建议：在活动前，应进行安全评估，并采取必要的安全措施，如设置安全警示标志、配备安全防护设备等。
行政许可与备案：
- 根据具体活动内容和规模，可能需向相关部门申请行政许可或进行备案。若未履行相关手续，可能构成违法。
- 建议：在活动前，应了解并遵守相关行政许可和备案的规定，确保活动合法进行。
总结与建议：在石坑里磨碎破轮胎废料并做好防护再拉走这一行为，是否违法需根据具体情况判断。为确保活动合法进行，建议在进行前了解并遵守环境保护、废弃物处理、土地使用、安全生产及行政许可与备案等方面的法律法规。若对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。