结论：规章已有明确规定处罚条款时，是否还可适用《行政处罚法》再处罚，需根据具体情况判断。一般来说，规章与《行政处罚法》并不冲突，规章的处罚条款往往是对《行政处罚法》的具体化或补充，因此，在规章已有明确规定的情况下，通常可以直接依据规章进行处罚，而无需再单独适用《行政处罚法》的处罚条款，但也要考虑特殊情况。

分析说明：

1. 规章与《行政处罚法》的关系：

   • 规章是行政机关根据法律和法规制定的规范性文件，用于具体实施法律和法规的规定。
   • 《行政处罚法》是规范行政处罚设定和实施的基本法律，为行政机关提供处罚的法律依据和程序要求。
   • 规章中的处罚条款通常是对《行政处罚法》中原则性规定的具体化或补充，以确保行政处罚的合法性和合理性。

2. 规章已有明确规定时的处罚：

   • 当规章对某一违法行为已有明确的处罚条款时，行政机关通常可以直接依据规章进行处罚。
   • 这是因为规章已经对处罚的种类、幅度和程序等进行了具体规定，满足了《行政处罚法》对处罚合法性和合理性的要求。

3. 特殊情况下的适用：

   • 如果规章的处罚条款与《行政处罚法》的原则性规定存在冲突或不一致，行政机关在处罚时应遵循《行政处罚法》的规定。
   • 例如，如果规章规定的处罚幅度超出了《行政处罚法》规定的范围，行政机关应依据《行政处罚法》的规定进行处罚，而不能直接适用规章的处罚条款。
   • 此外，如果某一违法行为同时触犯了多个规章或法律、法规，且这些规章或法律、法规对处罚的规定不一致，行政机关应根据上位法优于下位法、特别法优于一般法等法律适用原则进行处罚。

法律建议：

• 在面对规章已有明确规定处罚条款的情况时，行政机关应首先审查规章的处罚条款是否与《行政处罚法》的规定相一致。
• 如果一致，可以直接依据规章进行处罚；如果不一致，应遵循《行政处罚法》的规定进行处罚。
• 对于公民、法人或其他组织而言，如果认为行政机关的处罚决定违反了《行政处罚法》或规章的规定，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果你或你所在的组织面临此类问题，建议详细审查相关规章和《行政处罚法》的规定，以确定处罚的合法性和合理性。
• 如有需要，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。