个人取得集体建设用地所有权证后，以该证作价入股需遵循以下程序：

1. 确认权属与规划合规性

   • 需核实集体建设用地所有权证的真实性、有效性，确保土地权属无争议。
     
   • 确认土地用途符合当地土地利用总体规划和城乡规划，例如是否属于允许入股的商服、工业等用途。若土地用途与规划不符，需先申请调整规划或变更土地用途，否则可能因违法违规导致入股无效。

2. 履行民主决策程序

   • 根据《村民委员会组织法》及地方性法规，集体建设用地入股需经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表同意，并形成书面决议。
     
   • 若涉及土地处置方案（如入股价格、期限、收益分配等），需提前公示并征求集体成员意见，确保程序透明。

3. 签订入股协议

   • 协议需明确入股方式（如土地使用权作价入股）、入股期限、收益分配方式、风险承担、退出机制等核心条款。
     
   • 协议应符合《公司法》或《合伙企业法》中关于股权/合伙份额转让的规定，例如需其他股东/合伙人同意（若入股至现有企业）或符合公司章程/合伙协议的约定。

4. 办理土地使用权变更登记

   • 集体建设用地所有权证本身不能直接入股，需将土地使用权从集体经济组织名下变更至目标企业名下（如有限责任公司、股份公司或合伙企业）。
     
   • 需向当地自然资源部门申请土地使用权变更登记，提交材料包括：入股协议、集体决议、土地权属证明、企业营业执照等。变更完成后，目标企业取得集体建设用地使用权证。

5. 企业登记与税务处理

   • 若入股至新设企业，需按《市场主体登记管理条例》办理企业设立登记，并在章程中明确土地使用权作价出资的条款。
     
   • 若入股至现有企业，需办理增资扩股登记。
     
   • 税务方面，土地使用权作价入股可能涉及增值税、土地增值税、契税及企业所得税。根据《财政部 税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的公告》等文件，符合条件的企业可暂不征土地增值税，但需满足“整体改制”“不改变原投资主体”等条件。建议提前咨询税务机关或专业税务律师。

6. 合规性审查与风险防控

   • 需审查目标企业是否具备合法经营资质，避免因企业违法导致土地使用权被牵连。
     
   • 建议在协议中约定土地使用权被收回、政策变动等风险的承担方式，例如由集体经济组织或目标企业承担相应责任。
     
   • 若入股涉及外资或特殊行业（如教育、医疗），需额外履行行业准入审批程序。

注意事项：

• 集体建设用地入股需严格遵循“房地一体”原则，即土地使用权与地上建筑物、构筑物一并入股。
  
• 若土地存在抵押、查封等权利限制，需先解除限制后方可入股。
  
• 不同地区对集体建设用地入股的具体程序可能存在差异（如是否需通过农村产权交易平台公开交易），建议提前咨询当地自然资源部门或我进一步分析。