工程履约保证金退还后，合同是否还有效，这主要取决于合同的具体条款以及双方当事人的约定和实际履行情况。以下从几个角度进行详细分析：
合同条款的约定：
- 如果合同中明确规定了履约保证金的退还条件，并且这些条件与合同的效力直接相关（例如，合同中约定“履约保证金退还后，合同自动终止”），那么一旦这些条件满足，合同的效力就会按照约定发生变化。
- 如果合同中没有明确规定履约保证金退还与合同效力的关系，那么履约保证金的退还通常不会直接影响合同的效力。合同将继续有效，除非双方另有约定或存在其他导致合同终止的情形。
双方当事人的实际履行情况：
- 即使履约保证金已经退还，但如果双方当事人继续按照合同约定履行各自的义务，且没有提出终止合同的意思表示，那么合同仍然有效。
- 如果一方或双方当事人在履约保证金退还后，明确表示不再履行合同义务，或者通过行为表明不再继续履行合同，那么合同可能会因为双方当事人的合意或单方行为而终止。
法律原则的应用：
- 根据合同法的原则，合同的效力主要取决于双方当事人的意思表示是否真实、合法，以及合同内容是否违反法律、行政法规的强制性规定。履约保证金的退还本身并不直接决定合同的效力。
- 如果合同中没有特别约定，且双方当事人没有通过行为表明终止合同的意思，那么仅仅因为履约保证金的退还而认为合同终止，可能缺乏法律依据。
法律建议：
- 在签订合同时，建议明确约定履约保证金的退还条件以及与合同效力的关系，以避免未来可能出现的争议。
- 如果履约保证金已经退还，但合同仍在履行中，双方当事人应继续按照合同约定履行各自的义务，除非存在其他导致合同终止的情形。
- 如果对合同的效力存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。
可能后果：
- 如果因为履约保证金的退还而错误地认为合同已经终止，并停止履行合同义务，可能会面临违约责任的风险。
- 如果合同实际上仍然有效，但一方或双方当事人拒绝履行合同义务，另一方有权要求继续履行合同或寻求其他法律救济。
综上所述，工程履约保证金退还后合同是否还有效，需要综合考虑合同条款、双方当事人的实际履行情况以及法律原则的应用。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。