结论：借款协议只约定几年内还完，但未约定从什么时间开始还，超过约定时间是否过诉讼时效，需根据具体情况判断，一般而言，从债权人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算诉讼时效，若在此期间内债权人未主张权利，则可能超过诉讼时效。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、借款协议中未约定还款起始时间的情况
还款期限的确定：
- 若借款协议中仅约定了“几年内还完”，但未明确具体的还款起始时间，这通常意味着双方对还款期限有一定的灵活性。然而，这种灵活性并不意味着可以无限期地拖延还款。
- 在实践中，如果双方对还款起始时间有争议，且无法通过协商达成一致，那么法院可能会根据借款的目的、交易习惯、双方当事人的关系等因素来综合判断还款期限的起始点。
诉讼时效的起算：
- 在未约定还款起始时间的情况下，诉讼时效的起算点通常不是借款协议签订之日，而是债权人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日。这通常发生在债权人要求债务人还款，但债务人拒绝或未予回应时。
- 如果债权人一直未向债务人主张还款，且没有其他证据表明债权人知道或应当知道权利受到损害，那么诉讼时效可能不会开始计算。但这种情况较为罕见，因为债权人通常会积极主张自己的权利。
三、超过约定时间是否过诉讼时效的判断
如果债权人已主张权利：
- 如果债权人在借款协议约定的还款期限内或之后，及时向债务人主张了还款权利，并且债务人拒绝或未予回应，那么从债权人知道或应当知道权利受到损害之日起，诉讼时效开始计算。
- 如果债权人在诉讼时效期间内再次向债务人主张权利，或者债务人同意履行还款义务，那么诉讼时效会中断并重新计算。
如果债权人未主张权利：
- 如果债权人在借款协议约定的还款期限内或之后，一直未向债务人主张还款权利，且没有其他证据表明债权人知道或应当知道权利受到损害，那么当超过约定的还款期限多年后，债权人再主张权利时，可能会面临超过诉讼时效的风险。
- 在这种情况下，债务人可以提出诉讼时效抗辩，法院可能会驳回债权人的诉讼请求。
四、建议
对于债权人：
- 在借款协议中明确约定还款期限和还款方式，以避免不必要的争议。
- 在还款期限内或之后及时向债务人主张还款权利，并保留好相关证据（如催款通知、聊天记录等）。
- 如果债务人拒绝或未予回应，及时咨询专业律师并考虑采取法律措施维护自己的权益。
对于债务人：
- 如果确实无法按时还款，应及时与债权人沟通并协商解决方案。
- 如果债权人主张的权利已经超过诉讼时效，可以提出诉讼时效抗辩，但应确保自己有充分的证据支持这一抗辩。
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