关于您提出的“农村厂房的两证一书订的租的地合同五一年是否合法”的问题，结论是：合同期限的合法性需结合具体证件内容、土地性质及租赁用途综合判断，但一般情况下，若土地性质为集体建设用地且符合规划用途，51年租赁期限可能因超出法定最长年限而部分无效。以下从不同角度为您详细分析：

一、核心前提与证件性质

1. “两证一书”通常指：

   • 《集体建设用地使用证》（或《乡村建设规划许可证》）：证明土地为集体建设用地，可用于工业、商业等非农建设；
     
   • 《房屋所有权证》：证明厂房为合法建筑；
     
   • 《建设工程规划许可证》：证明厂房建设符合规划要求。
     若证件齐全且土地性质为集体建设用地，则厂房属于合法建筑，可依法出租。

2. 土地性质是关键：

   • 若土地为集体建设用地（如乡镇企业用地），根据《民法典》第705条，租赁期限不得超过20年；超过部分无效，但续订或重新签订合同可延长至20年。
     
   • 若土地为农用地（如耕地、林地），未经依法转为建设用地即出租用于厂房建设，属于违法用地，合同可能因违反法律强制性规定而无效。

二、51年租赁期限的合法性分析

1. 法定最长年限限制：

   • 根据《民法典》第705条，租赁期限不得超过20年；超过部分无效。
     
   • 若合同约定51年：前20年有效，后31年因超出法定年限而无效。但双方可在20年期满后协商续订或重新签订合同。

2. 特殊情形下的例外：

   • 若土地为国有建设用地且通过出让方式取得，租赁期限可由双方协商，但需符合出让合同约定（通常不超过出让年限剩余期限）。
     
   • 若土地为集体经营性建设用地（如通过入市交易取得），租赁期限可参照国有建设用地管理，但需符合地方性法规或政策规定。

三、合同效力的其他影响因素

1. 租赁用途与规划一致性：

   • 若厂房实际用途与《建设工程规划许可证》载明的用途不符（如将工业厂房改为商业用途），可能因违反规划要求导致合同部分无效或被行政处罚。

2. 集体组织成员权益保护：

   • 若土地为集体所有，出租需经集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表同意，并报乡（镇）人民政府批准；否则合同可能因程序违法而无效。

四、法律建议

1. 核查证件与土地性质：

   • 确认“两证一书”的真实性及土地性质（可通过当地自然资源部门查询）；
     
   • 若土地为农用地，需立即停止使用并补办转用手续，否则可能面临行政处罚或合同无效风险。

2. 调整租赁期限：

   • 若土地为集体建设用地，建议将合同期限修改为20年，并在期满前协商续订；
     
   • 若需长期使用，可约定“20年+自动续期”条款，但需明确续期条件及费用。

3. 完善合同条款：

   • 明确租赁用途、租金支付方式、违约责任等关键条款；
     
   • 增加“政策调整风险分担”条款，如因土地性质变更导致合同无法履行，双方按比例分担损失。

若您有进一步疑问或需具体合同审查，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供详细方案。