针对您提出的社会团体法人登记证书遗失后如何注销的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即使社会团体法人登记证书遗失，注销流程仍然需要按照相关规定进行。以下是注销社会团体的一般步骤，这些步骤同样适用于证书遗失的情况，但在具体操作中可能需要额外说明或补充材料：

一、内部程序审议

1. 召开会议：按照社会团体章程的规定，通常由理事会或常务理事会提出终止动议，并经会员（代表）大会表决通过注销决议。如果因特殊情况（如证书遗失）不能召开相应会议的，应当在报纸上公告，并经业务主管单位认可。

二、组成清算组织

1. 成立清算组：在业务主管单位及其他有关单位（如会计师事务所）的指导下，组成清算组织，完成清算工作。清算组的职责包括清理财产、编制财务报表、通知和公告债权人、处理与清算有关的未了结业务、清缴税款、清理债权债务、处理剩余财产等。

2. 清算报告：清算结束后，清算组应提出清算报告，并造具清算期间的收支报表和各种账务账册。这些财务数据需要经过注册会计师的签字确认。

三、准备注销材料

尽管证书遗失，但仍需准备以下注销材料（部分材料可能需额外说明或补充）：

1. 《注销登记申请表》：填写完整的注销登记申请表，并加盖社会团体印章。

2. 业务主管单位同意注销的批复：获得业务主管单位同意注销登记的批复文件，其中应写明同意注销并认可清算结果和剩余财产的处理。

3. 清算报告书及财务报表：提交清算组编制的清算报告书和财务报表，这些文件应详细反映清算过程和结果。

4. 清算债权债务公告：在公开发行的报纸上刊登清算债权债务公告，并提交报纸原件作为证明。公告内容应包括清算组的成立、债权申报的期限和方式等。

5. 会计师事务所出具的清算审计报告：委托会计师事务所对清算过程进行审计，并提交审计报告。审计报告应客观反映清算的合法性和合规性。

6. 关于证书遗失的说明：由于证书遗失，需要撰写一份详细的说明，解释证书遗失的原因、经过以及已采取的补救措施（如登报声明作废等）。

四、提交注销申请

将上述准备好的材料提交至民政部社会组织服务大厅或相应的登记管理机关。在提交时，应说明证书遗失的情况，并附上相关证明材料（如登报声明作废的剪报等）。

五、等待审查与决定

登记管理机关将对提交的注销申请材料进行审查。如果材料齐备且符合注销条件，登记管理机关将在法定期限内作出行政许可决定，并发给同意注销登记批复。同时，社会团体应及时交回剩余的印章和有关财务凭证（如有可能），并将银行账户、税务登记和组织机构代码注销资料的复印件交登记管理机关备案。

六、后续事项

1. 注销公告：登记管理机关办理注销公告，宣布该社会团体已正式注销。

2. 法律救济：如果对注销决定不服，可以向民政部提出行政复议申请或向人民法院提起行政诉讼。

温馨提示：在整个注销过程中，建议保持与业务主管单位和登记管理机关的密切沟通，及时了解注销进展和可能遇到的问题。同时，由于证书遗失可能增加注销的复杂性和时间成本，因此建议尽快采取补救措施（如登报声明作废等），以减少对注销流程的影响。