结论概述：偷税企业在收到税务处理决定前已主动申报补缴税款的，是否会被罚款需结合具体情况判断。若主动申报行为符合法定条件（如补缴税款、滞纳金且无其他严重情节），通常可免于罚款；但若存在其他违法行为或情节严重，仍可能面临罚款。以下从法律条款、实务操作及例外情形三方面展开分析。

一、法律条款依据：主动申报补缴的免罚条件

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条及第六十四条，偷税行为的法律后果包括追缴税款、滞纳金及罚款（罚款比例为不缴或少缴税款的50%至5倍）。但若纳税人在税务机关查处前主动补缴税款及滞纳金，且未造成税款流失等严重后果，可依法免于罚款。具体依据如下：

1. 《税收征管法》第五十二条：因纳税人计算错误等失误导致未缴或少缴税款的，税务机关在三年内可追征税款及滞纳金；若纳税人主动补缴，通常不处罚款（但偷税行为不适用“失误”条款，需结合其他条款）。
2. 《行政处罚法》第三十二条：当事人主动消除或减轻违法行为危害后果的，应从轻或减轻行政处罚。税务领域中，主动补缴税款及滞纳金可视为“减轻危害后果”的情形。
3. 国家税务总局公告：部分地方税务机关明确，对偷税企业在检查前主动补缴税款、滞纳金且无其他严重情节的，可不予罚款（如《江苏省税务行政处罚裁量基准》）。

关键点：主动申报补缴需满足“全额补缴税款+滞纳金”“无隐瞒或转移财产等恶意行为”“未造成税款无法追回等严重后果”等条件，否则仍可能被罚款。

二、实务操作中的认定标准

税务机关在处理此类案件时，会综合以下因素判断是否罚款：

1. 补缴的及时性：若企业在税务机关立案检查前主动补缴，更可能被认定为“主动纠正”；若在检查过程中或收到《税务检查通知书》后补缴，可能被视为“被动配合”，罚款风险增加。
2. 配合程度：企业是否如实提供账簿资料、配合调查，是否存在隐瞒收入、虚开发票等关联违法行为。
3. 历史合规记录：若企业此前无偷税记录，且本次偷税金额较小、情节轻微，更可能免于罚款；反之，若多次偷税或金额巨大，罚款概率较高。
4. 主观恶意：若企业通过设置“两套账”、隐匿收入等手段故意偷税，即使后期补缴，仍可能被认定为“恶意偷税”而罚款。

案例参考：某企业因财务人员失误少报收入100万元，在税务机关检查前主动补缴税款及滞纳金，且无其他违法行为，最终未被罚款；另一企业通过虚开发票偷税500万元，虽后期补缴，但因主观恶意明显，仍被处以偷税金额1倍的罚款。

三、例外情形：仍可能被罚款的情况

即使企业主动申报补缴，以下情形仍可能面临罚款：

1. 未补缴滞纳金：根据《税收征管法》第三十二条，纳税人未按期缴纳税款的，需从滞纳税款之日起按日加收万分之五的滞纳金。若企业仅补缴税款未缴滞纳金，可能被视为未完全纠正违法行为，从而被罚款。
2. 存在其他违法行为：如同时涉及虚开发票、骗取出口退税等关联违法行为，税务机关可能对偷税部分单独处罚。
3. 情节严重：根据《刑法》第二百零一条，若偷税数额较大且占应纳税额10%以上，可能构成逃税罪。此时，即使补缴税款及滞纳金，仍可能被追究刑事责任（但根据《刑法》第二百零一条第四款，若在公安机关立案前补缴税款、滞纳金并接受行政处罚，可不追究刑事责任；但行政罚款仍可能存在）。

四、法律建议

1. 及时主动补缴：若发现偷税行为，应尽快在税务机关查处前补缴税款及滞纳金，并保留付款凭证、申报表等证据。
2. 全面配合调查：主动向税务机关说明情况，提供完整账簿资料，避免隐瞒或抗拒检查。
3. 咨询专业律师：偷税案件可能涉及行政处罚与刑事责任交叉，建议提前委托律师分析风险，制定应对策略（如申请听证、复议或诉讼）。
4. 完善合规体系：建立税务风险防控机制，定期自查账目，避免再次发生类似问题。

总结：偷税企业主动申报补缴税款后是否被罚款，需结合补缴的及时性、配合程度、主观恶意等因素综合判断。若符合法定条件，通常可免于罚款；但若存在其他违法行为或情节严重，仍可能面临处罚。建议企业及时补缴并咨询律师，以最大限度降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我提问。