总公司中标后由分公司签订合同的法律后果，需结合具体情形分析，可能涉及合同效力、责任承担及行政处罚风险，具体如下：

一、合同效力风险

1. 合同可能被认定无效
   根据《招标投标法》第四十八条，中标人应当按照合同约定履行义务，不得向他人转让中标项目。若总公司中标后，未经招标人书面同意，直接将合同签订主体变更为分公司，可能因违反法律强制性规定被认定无效。
   例外情形：若招标文件或合同中明确允许中标人委托分支机构履行合同，且分公司具备相应资质，合同可能有效。

2. 合同效力待定风险
   若总公司中标后，以分公司名义签订合同但未明确授权，可能构成无权代理。此时合同效力取决于招标人是否追认：

   • 招标人追认的，合同有效；
     
   • 招标人拒绝追认的，合同对总公司不发生效力，由分公司承担缔约过失责任。

二、责任承担风险

1. 总公司可能承担连带责任
   根据《公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。即使合同由分公司签订，若因合同履行产生纠纷，招标人仍可要求总公司承担责任。
   示例：分公司因施工质量问题被索赔，招标人可同时起诉分公司及总公司，要求二者共同赔偿。

2. 总公司可能面临行政处罚
   若中标后擅自变更合同主体，可能违反《招标投标法》第五十八条，由行政监督部门责令改正，处中标项目金额5‰以上10‰以下的罚款；对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额5%以上10%以下的罚款。

三、合规操作建议

1. 事前取得招标人同意
   在投标文件或合同中明确约定“中标后由分公司履行合同”，并附分公司资质证明及总公司授权文件，确保程序合法。

2. 完善内部授权手续
   总公司应向分公司出具书面授权委托书，明确授权范围（如签订合同、收款、施工等），避免无权代理风险。

3. 合同主体与履约主体一致
   若必须由分公司签订合同，建议合同中明确约定“分公司仅作为总公司代理人签订合同，实际履约方为总公司”，以降低责任承担风险。

总结：总公司中标后由分公司签订合同，可能面临合同无效、责任连带及行政处罚风险。建议通过事前授权、程序合规等方式规避风险，具体操作可进一步向我咨询。