在交通事故中，如果双方已经达成协议且原件只有一件，这份原件是可以进行复印的。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
从法律角度来看，并没有明确规定原件只有一份时不能进行复印。在交通事故处理中，双方达成的协议是具有法律效力的文件，它记录了双方的权利和义务。为了保障双方的权益，也为了后续可能出现的纠纷处理，保留协议的副本是非常有必要的。复印协议原件就是一种常见的保留副本的方式，只要复印的内容与原件一致，且复印过程合法合规，那么复印件在法律上是可以被认可的。
实际操作层面
复印的便利性：在现实生活中，复印一份文件是非常简单且常见的操作。无论是去打印店、复印店，还是使用自己的打印机，都可以轻松完成。因此，从实际操作的角度来看，复印交通事故协议原件并不存在困难。
复印件的效力：虽然复印件在法律上的效力可能略低于原件，但在很多情况下，复印件是可以作为证据使用的。特别是在双方已经对协议内容达成一致，且没有争议的情况下，复印件完全可以起到证明双方协议内容的作用。当然，如果后续出现纠纷，且对方对复印件的真实性提出质疑，那么可能需要通过其他方式（如笔迹鉴定、证人证言等）来进一步证明复印件的真实性。
建议保留多份：为了更好地保障自己的权益，我建议你在复印协议原件时，可以多复印几份。这样，你可以自己留存一份，给对方一份，还可以根据需要给其他相关方（如保险公司、交警部门等）提供复印件。这样，在后续处理交通事故相关事宜时，就会更加方便和高效。
注意事项
确保复印内容一致：在复印协议原件时，一定要确保复印的内容与原件完全一致。如果复印过程中出现模糊、缺失等情况，可能会影响复印件的法律效力。
妥善保管原件和复印件：无论是原件还是复印件，都要妥善保管。原件是证明双方协议内容的最直接证据，而复印件则可以在需要时提供便利。如果原件或复印件丢失或损坏，可能会给后续处理带来不必要的麻烦。
及时咨询专业人士：如果你在复印协议原件或处理交通事故相关事宜时遇到任何疑问或困难，可以及时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，交通事故中协议一致且原件只有一件时，是可以进行复印的。在复印过程中，要注意确保复印内容一致、妥善保管原件和复印件，并在需要时及时咨询专业人士。