结论：在司法拍卖违法且拍卖款被申请执行人占有的情况下，您有权起诉申请执行人支付资金占用费，但具体能否得到支持需结合案件具体情况及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律背景与依据
资金占用费的性质：
- 资金占用费通常被视为因资金被非法占用而产生的损失或收益，其性质可能接近于利息或损害赔偿。在司法拍卖违法且拍卖款被非法占有的情况下，资金占用费可视为对被执行人（或相关责任人）非法占用资金的一种经济制裁或补偿。
相关法律规定：
- 虽然直接针对司法拍卖违法后资金占用费的法律规定可能并不明确，但可以根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利、侵权责任等条款进行推理。例如，如果申请执行人非法占有拍卖款，可能构成不当得利，被执行人有权要求返还并可能主张资金占用期间的利息或损失。
- 另外，如果司法拍卖过程存在违法行为，导致拍卖款被非法占有，相关责任人（包括申请执行人）可能还需承担行政责任或刑事责任，但这并不影响被执行人通过民事诉讼主张资金占用费。
二、起诉申请执行人支付资金占用费的可行性
起诉条件：
- 您需要证明司法拍卖过程存在违法行为，且该违法行为导致拍卖款被申请执行人非法占有。
- 您需要证明因资金被非法占用而遭受了实际损失（如资金占用期间的利息损失或其他经济损失）。
证据收集：
- 收集司法拍卖过程中的相关证据，如拍卖公告、拍卖成交确认书、拍卖款支付凭证等，以证明拍卖过程的合法性及拍卖款的支付情况。
- 收集申请执行人非法占有拍卖款的证据，如银行转账记录、聊天记录、证人证言等。
- 收集因资金被非法占用而遭受损失的证据，如利息计算依据、其他经济损失的证明等。
诉讼策略：
- 在起诉时，您可以明确主张资金占用费，并附上相关证据和计算依据。
- 如果司法拍卖过程存在多个违法行为或责任人，您可以考虑将相关责任人一并列为被告，以增加胜诉的可能性。
三、可能面临的法律后果与风险
胜诉可能性：
- 如果您能提供充分的证据证明司法拍卖违法且拍卖款被申请执行人非法占有，同时证明因资金被非法占用而遭受了实际损失，那么您胜诉的可能性较大。
- 但如果证据不足或存在争议，法院可能不支持您的资金占用费主张。
执行风险：
- 即使您胜诉，如果申请执行人没有可供执行的财产或拒不履行判决，您可能面临执行困难的风险。
- 在这种情况下，您可以考虑申请强制执行、查封、扣押申请执行人的财产等措施来保障自己的权益。
四、建议与措施
咨询专业律师：
- 在起诉前，建议您咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析，以制定合适的诉讼策略。
- （此处虽提及咨询律师，但意在强调专业评估的重要性，实际咨询时您可直接向我提问，我会为您提供详细解答。）
积极收集证据：
- 尽快收集相关证据，确保证据的充分性和有效性。
- 如果证据收集存在困难，可以考虑申请法院调查取证或委托专业机构进行调查。
关注案件进展：
- 在诉讼过程中，密切关注案件进展，及时与法院沟通并了解案件情况。
- 如果发现新的证据或情况，及时向法院补充提交或说明。
最后，如果您在司法拍卖违法且拍卖款被申请执行人占有的情况下想要起诉申请执行人支付资金占用费，建议您根据上述分析积极准备证据和诉讼材料，并及时向我咨询以获取更具体的法律建议。