结论概述：公司通过并记载于公司名下的决议或事项，若未在工商部门进行变更登记，其效力会受到一定影响，主要体现在对内和对外两个层面。对内而言，决议或事项在公司内部通常具有法律效力；但对外而言，未进行工商变更登记可能影响其对抗第三人的效力。
详细分析：
对内效力：
- 公司内部决议的有效性：公司通过并记载于公司名下的决议或事项，如股东会决议、董事会决议等，一旦形成并符合公司章程和法律法规的规定，即在公司内部产生法律效力。这意味着，公司及其内部机构、股东等应当遵守和执行这些决议。
- 内部记录的证明力：公司内部的记录，如会议纪要、决议文件等，是证明决议或事项存在和有效的重要证据。在公司内部纠纷或诉讼中，这些记录通常会被法院或其他仲裁机构采纳作为认定事实的依据。
对外效力及工商变更登记的重要性：
- 工商变更登记的对抗效力：根据《公司法》及相关法律法规的规定，公司的一些重大事项变更，如股东变更、注册资本变更、经营范围变更等，需要进行工商变更登记。未进行工商变更登记的，虽然不影响决议或事项在公司内部的效力，但可能影响其对抗第三人的效力。即，未经工商变更登记的事项，在对外交易或纠纷中，可能无法对抗善意第三人。
- 保护交易安全：工商变更登记制度的设计初衷是为了保护交易安全，维护市场秩序。通过工商变更登记，可以使公司的重大事项变更公开透明，便于第三人查询和了解公司的真实情况，从而做出合理的交易决策。
未进行工商变更登记的可能后果：
- 无法对抗善意第三人：如前所述，未经工商变更登记的事项，在对外交易中可能无法对抗善意第三人。这意味着，如果公司因未进行工商变更登记而导致第三人遭受损失的，公司可能需要承担相应的法律责任。
- 行政处罚：根据相关法律法规的规定，公司未按规定进行工商变更登记的，可能面临工商行政管理部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。
法律建议：
- 及时办理工商变更登记：为了确保公司决议或事项的对外效力，保护交易安全，公司应在决议或事项通过后及时办理工商变更登记手续。
- 完善内部记录：公司应完善内部记录制度，确保决议或事项的记录真实、完整、准确。这有助于在公司内部纠纷或诉讼中提供有力的证据支持。
- 咨询专业律师：如果公司对于工商变更登记的具体流程、要求或法律后果存在疑问的，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
举例说明：
假设某公司股东会决议增加注册资本，并已经记载于公司名下的股东会决议文件中。但公司未及时到工商部门办理注册资本变更登记手续。此时，如果公司对外与第三人签订了一份基于增加注册资本后的合同，但第三人并不知道公司未进行工商变更登记的情况。在合同履行过程中，如果因公司注册资本未实际增加而导致合同无法履行的，第三人可能以公司未进行工商变更登记为由主张合同无效或要求公司承担违约责任。在这种情况下，公司可能因未进行工商变更登记而面临不利的法律后果。