在合同纠纷中，关于承兑手续费和保证金的扣除顺序，这并非一个由法律直接规定的问题，而是通常取决于双方合同中的具体约定。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同约定优先：

   • 在商业实践中，承兑手续费和保证金的扣除顺序往往会在合同中明确约定。如果合同中有明确的条款规定了扣除顺序，那么双方应当遵循合同约定执行。
   • 例如，合同可能规定先扣除保证金，再扣除承兑手续费；或者相反，先扣除手续费，再扣除保证金。这完全取决于双方在合同中的协商和约定。

2. 无约定时的处理原则：

   • 如果合同中没有明确约定承兑手续费和保证金的扣除顺序，那么双方可能需要通过协商来确定。
   • 在协商无果的情况下，可以参考行业惯例或交易习惯。不同行业或地区可能有不同的交易习惯，这些习惯可能会影响到扣除顺序的确定。
   • 如果行业惯例或交易习惯也不明确，那么可能需要依据公平原则和诚实信用原则来处理。这意味着在扣除时应当考虑双方的利益平衡，避免一方因扣除顺序的不合理而遭受不公平的损失。

3. 法律后果与风险提示：

   • 如果双方因扣除顺序问题产生纠纷，并诉诸法律途径解决，法院或仲裁机构将会根据合同约定、行业惯例、交易习惯以及公平原则和诚实信用原则等因素来综合判断。
   • 因此，在签订合同时，建议双方明确约定承兑手续费和保证金的扣除顺序，以避免未来可能产生的纠纷。同时，在履行合同过程中，双方也应当遵循合同约定，确保扣除顺序的合法性和合理性。

总结与建议：

• 承兑手续费和保证金的扣除顺序主要取决于合同中的具体约定。
• 如果合同中没有明确约定，双方应当通过协商来确定扣除顺序，并可以参考行业惯例或交易习惯。
• 在签订合同时，建议明确约定扣除顺序以避免未来纠纷。
• 如果遇到相关问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。