针对市政府工作人员非法占用集体耕地，其刑事责任的处理机关主要是公安机关，并由检察机关提起公诉，最终由法院进行审判。以下从不同角度为您详细分析：

1. 公安机关的侦查权：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关是刑事案件的主要侦查机关。对于市政府工作人员非法占用集体耕地的行为，如果涉嫌犯罪，公安机关有权进行立案侦查，收集证据，查明事实真相。
   • 公安机关在侦查过程中，有权对犯罪嫌疑人进行讯问、询问证人、搜查、扣押等侦查措施，以获取充分的证据来支持案件的进一步处理。

2. 检察机关的公诉权：

   • 在公安机关侦查终结后，如果认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，应当将案件移送检察机关审查起诉。
   • 检察机关在审查起诉阶段，会对案件进行全面审查，包括犯罪事实、证据、法律适用等，如果认为符合起诉条件，会向法院提起公诉，要求法院对犯罪嫌疑人进行审判。

3. 法院的审判权：

   • 法院是刑事案件的审判机关，负责审理检察机关提起的公诉案件。
   • 在审理过程中，法院会听取控辩双方的意见，审查证据，认定事实，并根据法律规定作出判决。如果判决有罪，会依法对犯罪嫌疑人判处相应的刑罚。

4. 特殊情况的考虑：

   • 如果市政府工作人员的非法占用集体耕地行为同时涉及行政违法，那么相关行政机关（如自然资源部门）也有权进行行政处罚，但这并不影响刑事责任的追究。
   • 在某些情况下，如果市政府工作人员的行为构成职务犯罪，还可能涉及监察机关的调查和处置。但无论如何，刑事责任的追究最终还是要通过公安机关、检察机关和法院的协作来完成。

法律建议：

• 如果您发现市政府工作人员有非法占用集体耕地的行为，建议及时向公安机关报案，并提供相关证据和线索。
• 在案件处理过程中，您可以积极配合公安机关、检察机关和法院的工作，提供必要的协助和支持。
• 如果您对案件处理有疑问或不满，可以依法向相关部门提出申诉或控告，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果市政府工作人员被认定非法占用集体耕地构成犯罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
• 同时，其非法占用的耕地可能会被责令退还，并可能面临行政处罚或民事赔偿等后果。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。