结论：若市政府被证实是黑恶势力保护伞并非法占用集体农用地，其可能承担行政责任、刑事责任以及民事赔偿责任，具体取决于违法行为的性质和后果。
分析说明：
行政责任：
- 市政府作为行政机关，若其行为违反了土地管理法规，如未经批准非法占用集体农用地，那么相关责任人员可能会受到行政处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
- 同时，市政府还可能面临上级行政机关的责令改正、通报批评等行政措施，以及可能被要求退还非法占用的土地、恢复土地原状等。
刑事责任：
- 如果市政府的非法占用集体农用地行为情节严重，构成了犯罪，如非法占用农用地罪，那么相关责任人员可能会受到刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
- 此外，如果市政府与黑恶势力勾结，为其提供保护伞，还可能涉及其他犯罪，如包庇、纵容黑社会性质组织罪等，相关责任人员将面临更严厉的刑事处罚。
民事赔偿责任：
- 市政府非法占用集体农用地，给集体经济组织或农民个人造成损失的，应当承担民事赔偿责任。
- 赔偿范围包括因非法占用土地而导致的直接经济损失，如土地收益损失、土地改良费用等，以及可能因土地被占用而产生的其他间接损失。
特殊场景：
- 在实际案例中，如果市政府的行为同时触犯了多个法律条款，如既违反了土地管理法规，又构成了犯罪，那么相关责任人员可能会同时承担行政责任和刑事责任。
- 此外，如果市政府的非法占用行为涉及多个部门或多个责任人员，那么可能需要根据各自的责任大小和情节轻重，分别承担相应的法律责任。
行动建议：
- 对于集体经济组织或农民个人而言，如果发现市政府非法占用集体农用地，应及时向相关部门举报，并保留好相关证据，以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。
- 同时，也可以考虑通过法律途径提起诉讼，要求市政府承担相应的法律责任，并赔偿因此造成的损失。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得非法占用土地，否则将受到法律的制裁。
- 同时，《中华人民共和国刑法》也对非法占用农用地等犯罪行为作出了明确规定，并规定了相应的刑事处罚。
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