合作保证金能否退还，需根据具体情况及双方合同约定来判断。以下是对此问题的全面分析：
可以退还保证金的情况
合同约定明确且条件成就：
- 如果合作协议中明确约定了保证金的退还条件（如合同履行完毕、项目验收合格等），并且这些条件已经得到满足，那么交付保证金的一方就有权要求退还保证金。例如，甲乙双方签订合作协议，约定项目完成后退还保证金，项目如期完成并通过验收，甲即可要求乙退还保证金。
合作终止且无违约行为：
- 当合作关系正常结束，且交付保证金的一方在合作期间没有违反任何合同条款时，保证金应当予以退还。这是基于合同公平原则和诚实信用原则的基本要求。比如，甲乙双方合作期满，且甲在合作期间未出现任何违约行为，乙应退还甲缴纳的保证金。
因对方违约导致合同解除：
- 如果收取保证金的一方违反了合作协议的约定，导致合同无法继续履行或者被解除，交付保证金的一方不仅可以要求退还保证金，还有权要求对方承担违约责任。例如，乙未按约定提供合作所需的资源，导致合同无法履行，甲有权要求乙退还保证金并赔偿损失。
合同无效或被撤销：
- 如果合作合同存在法定无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等）或者被依法撤销，那么收取保证金就失去了合法依据，应当立即退还。比如，甲乙双方签订的合作协议因存在欺诈行为而被法院撤销，乙应退还甲缴纳的保证金。
担保责任免除：
- 保证金具有担保性质，当主合同的义务得到完全履行时，担保责任即告免除，此时保证金也应当予以退还。例如，甲为乙提供担保并缴纳保证金，乙按约定履行了合同义务，甲的担保责任免除，乙应退还甲缴纳的保证金。
可能不予退还保证金的情况
交付方违约：
- 如果交付保证金的一方违反了合作协议的相关约定，收取保证金的一方有权根据合同约定不予退还保证金，以此作为对违约行为的惩罚和补偿。比如，甲未按约定履行合作义务，乙有权根据合同约定没收甲缴纳的保证金。
合同约定不予退还的其他情形：
- 除了违约情形外，合同中还可能约定了其他保证金不予退还的情况。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，通常都是有效的。例如，甲乙双方约定，若因甲原因导致合作项目未能达到预期目标，保证金不予退还。
特定场景中的不退还规则：
- 在招标投标等特定场景中，如果中标人未按照约定履行合同义务，履约保证金也可能不予退还。这是为了维护交易秩序和公平竞争而设定的特殊规则。比如，甲中标某项目后未按约定签订合同或履行义务，招标方有权没收甲缴纳的履约保证金。
退还流程与注意事项
确认退还条件：
- 在申请退还保证金之前，务必核实保证金缴纳记录，仔细检查合同条款，确保无违约行为且退还条件已经满足。
办理退还手续：
- 提交退还申请后，需经过审核程序。一旦审核通过，应及时办理退款手续，确保资金及时到账。
记录与报备：
- 退还记录应详细记录退还时间、金额、收款人等信息，并进行必要的财务报备工作。这既是为了保障双方的权益，也是为了符合财务管理规范。
总结与建议：合作保证金的退还与否取决于具体的合同约定和法律规定。在处理此类问题时，建议你仔细研读合同条款，并对照上述分析判断自身情况。若仍有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。