针对您提出的“安全事故罚款部门规章标准超过条例是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，根据国务院印发的《关于进一步规范和监督罚款设定与实施的指导意见》，规章在设定罚款时必须遵循一定的原则和限制。其中明确指出，规章设定的罚款数额不得超过法律、法规对相似违法行为规定的罚款数额。这一规定直接回答了您的问题，即部门规章在设定安全事故罚款时，其标准不得超过相关条例（即法律、法规）的规定。

其次，该《意见》还强调了依法科学行使罚款设定权的重要性，要求严格规范罚款实施活动，并全面强化罚款监督。这意味着，在设定和实施罚款时，必须确保有明确的法律依据，且罚款的数额和方式必须合理、公正，不得随意增设或提高罚款标准。

再者，从您提供的具体处罚内容来看，如生产经营单位在事故隐患排查治理过程中违反相关规定的，由安全监管监察部门给予警告，并处三万元以下的罚款。这一规定也体现了罚款设定的合理性和有限性，即罚款数额是在法律、法规的框架内设定的，并未超过相关条例的规定。

最后，如果部门规章在设定安全事故罚款时确实超过了条例的规定，那么这种设定是不合法的。因为根据《意见》的要求，对评估发现有不符合上位法规定、不适应经济社会发展需要、明显过罚不当等情形的罚款规定，要及时按照立法权限和程序自行或者建议有权机关予以修改或者废止。

综上所述，安全事故罚款部门规章标准超过条例是不合法的。在设定和实施罚款时，必须严格遵守法律、法规的规定，确保罚款的合法性和合理性。如果您在实际操作中遇到类似问题，建议及时咨询相关法律专业人士或向有权机关进行反映和投诉。