交通运输部门确实有权查扣非法改装货车，以下从不同角度为你详细分析：
一、法律依据与权力来源
根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。交通运输部门，特别是其中的道路运输管理机构和公安机关交通管理部门，负责维护道路交通秩序，确保车辆符合安全技术标准。因此，对于非法改装的货车，交通运输部门有权进行查处，并采取相应的处罚措施，包括查扣车辆。
二、查扣非法改装货车的具体情形
擅自改变车辆结构或构造：
- 如货车擅自加高车厢栏板、更换发动机、车身或车架等，这些行为都改变了车辆的原设计，影响了车辆的安全性能。交通运输部门在发现此类行为时，有权依法查扣车辆，并要求车主恢复原状。
不符合安全技术标准：
- 如果改装后的货车不符合国家规定的安全技术标准，如制动系统、转向系统等存在安全隐患，交通运输部门同样有权查扣车辆，以确保道路交通安全。
从事货物运输经营的非法改装：
- 对于从事货物运输经营的货车，如果进行了非法改装，县级以上道路运输管理机构将责令改正，并处以罚款。在情节严重的情况下，如多次实施且拒不改正，或者因非法改装引发严重安全事故的，道路运输管理机构还有权吊销货运经营者的道路运输经营许可证，并查扣相关车辆。
三、查扣后的处理流程
责令恢复原状：
- 交通运输部门在查扣非法改装货车后，会要求车主在规定期限内将车辆恢复至符合规定的状态。这通常包括拆除非法加装的部件、恢复原车结构等。
罚款与记分：
- 根据违法情形的严重程度，交通运输部门还会对车主处以罚款，并可能对驾驶员的驾驶证进行记分。罚款金额和记分标准都依据相关法律法规进行确定。
吊销经营许可（如适用）：
- 对于从事货物运输经营的货车，如果非法改装行为情节严重，道路运输管理机构还有权吊销其道路运输经营许可证。这意味着相关企业将失去从事道路运输的资格。
四、实际案例与法律后果
在实际操作中，交通运输部门已经多次对非法改装货车进行查处。例如，某地交通运输部门在巡查中发现一辆货车擅自加高了车厢栏板，存在严重的安全隐患。执法人员立即对该车进行了查扣，并要求车主在规定期限内恢复原状。同时，还对车主处以了罚款，并对驾驶员的驾驶证进行了记分。这一案例充分说明了交通运输部门对非法改装货车的查处力度和决心。
五、建议与提醒
为了避免非法改装带来的处罚和安全隐患，我建议货车车主：
- 在进行改装前仔细了解相关法律法规和规定，确保改装行为合法合规。
- 合法的改装项目通常包括加装防撞装置、防风罩、水箱等辅助设备，以及在不改变车辆主要技术参数和结构的前提下进行的车身颜色、图案变更等。
- 改装后应及时向车管所备案或办理变更登记手续，以确保车辆的合法性和安全性。
如果你对货车非法改装或交通运输部门的查处措施有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。