改装运输车交警扣车是否合法，需根据改装的具体情况以及相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合法改装情形：

   • 如果改装行为符合《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例的规定，例如，改装后的车辆仍然满足车辆安全技术标准，且已经依法办理了变更登记手续，那么这种改装是合法的。
   • 在合法改装的情况下，交警通常不会因为改装而扣车。但如果车辆存在其他违法行为（如超载、超速等），交警仍有权依法扣车。

2. 非法改装情形：

   • 如果改装行为违反了相关法律法规，例如，改变了车辆的结构、构造或者特征，或者改装后的车辆不符合车辆安全技术标准，且未依法办理变更登记手续，那么这种改装就是非法的。
   • 在非法改装的情况下，交警有权依法扣车。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，对非法改装的机动车，公安机关交通管理部门有权扣留机动车，责令恢复原状，并可以处以罚款。

3. 特殊改装情形：

   • 某些特殊类型的改装，如为了运输特定货物而进行的改装，可能需要获得相关部门的特别许可。如果未经许可而进行改装，也可能被视为非法改装，交警有权扣车。

法律建议：

• 如果您对运输车的改装是否合法存在疑问，建议先查阅相关法律法规，或者咨询专业的汽车改装机构，确保改装行为符合法律要求。
• 如果您的车辆已经被交警扣车，且您认为扣车行为不合法或存在争议，您可以依法向交警部门提出申诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果改装行为合法，且车辆没有其他违法行为，交警通常不会扣车，您也不会面临法律后果。
• 如果改装行为非法，您可能面临车辆被扣留、罚款等法律后果。同时，如果改装行为导致了交通事故或其他严重后果，您还可能承担刑事责任。

总之，改装运输车交警扣车是否合法，取决于改装行为是否符合相关法律法规的要求。如果您对改装行为是否合法存在疑问，或者您的车辆已经被交警扣车，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。