结论：针对公路工程中甲方已经使用后又提出工程量异议的情况，需根据具体情况分析，一般可通过核查合同条款、施工记录、验收文件等证据，结合法律规定来处理。以下从不同角度进行详细分析：

一、合同条款的审查

1. 工程量确认条款：首先，应仔细审查合同中关于工程量确认的条款。如果合同中明确规定了工程量确认的方式、时间节点以及异议提出的期限等，那么应按照合同约定执行。若甲方在合同约定的期限内未提出异议，且工程已实际使用，一般可视为甲方对工程量无异议。

2. 变更与调整条款：若合同中存在关于工程量变更与调整的条款，应核查甲方提出的异议是否属于合同约定的变更或调整范围。如果属于，且变更或调整的程序符合合同约定，那么应按照变更或调整后的工程量进行结算。

二、施工记录与验收文件的核查

1. 施工记录：施工记录是反映工程实际施工情况的重要证据。应核查施工记录中关于工程量的记载，与甲方提出的异议进行比对，以确定异议是否成立。

2. 验收文件：验收文件是工程竣工后，由建设单位、施工单位、监理单位等共同签署的文件，用于确认工程是否符合设计要求及合同约定。如果验收文件中已明确记载了工程量，且甲方在验收时未提出异议，那么甲方在使用后提出的异议可能难以得到支持。

三、法律规定的适用

1. 《民法典》相关规定：根据《民法典》中关于建设工程合同的规定，发包人应当按照合同约定支付工程价款。如果发包人未按照约定支付价款，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。对于甲方在使用后提出的工程量异议，如果承包人能够提供充分的证据证明工程量无误，且符合合同约定及法律规定，那么甲方应承担支付工程价款的责任。

2. 诉讼时效：还需注意诉讼时效的问题。如果甲方在使用后长时间未提出异议，且超过了法律规定的诉讼时效期间，那么甲方可能丧失了通过法律途径主张权利的机会。

四、处理建议

1. 协商解决：在发生争议时，建议双方首先通过协商的方式解决。通过友好沟通，可以查明事实真相，明确责任归属，从而达成和解协议，避免不必要的法律纠纷。

2. 第三方调解或仲裁：如果协商无果，双方可以考虑通过第三方调解或仲裁的方式解决争议。调解或仲裁机构可以依据事实和法律，对争议进行公正、合理的裁决，从而维护双方的合法权益。

3. 诉讼途径：作为最后的解决手段，如果其他方式均无法解决争议，双方可以通过诉讼途径解决。在诉讼过程中，应充分准备证据，积极应诉，以维护自己的合法权益。

后续行动建议：若您面临此类情况，建议立即收集并整理相关证据材料，包括合同、施工记录、验收文件等，以便在协商、调解、仲裁或诉讼过程中有力支持自己的主张。如有需要，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供进一步的法律建议。