将特别重大盗窃案改为经济纠纷，派出所的行为是否构成程序违法，需分情况讨论：

1. 若案件性质确实属于盗窃，派出所无权擅自更改案件性质：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，公安机关在受理案件时，应当根据案件事实和法律规定，准确认定案件性质。盗窃案件属于刑事案件范畴，若证据确凿，应依法立案侦查。
   • 程序违法性：如果派出所将明显属于盗窃的案件擅自更改为经济纠纷，这违反了法定程序，因为案件性质的认定应基于事实和法律，而非主观臆断或外部压力。
   • 法律后果：此种行为可能导致案件处理不当，损害当事人合法权益，相关责任人员可能面临内部纪律处分或法律责任。

2. 若案件存在争议，派出所可能基于初步调查作出暂时性判断：

   • 法律背景：在案件初期，如果证据尚不充分或案件事实存在争议，派出所可能需要根据现有信息对案件性质作出初步判断。这种判断并非最终定性，而是随着调查的深入可能发生变化。
   • 非程序违法性：在这种情况下，派出所将案件暂时归类为经济纠纷，并不直接构成程序违法。但关键在于，派出所应持续调查，根据新证据及时调整案件性质，并确保当事人的合法权益不受侵害。
   • 建议：如果当事人认为派出所的初步判断有误，可以提供更多证据或线索，要求派出所重新审查案件性质。

3. 若派出所存在滥用职权或徇私枉法行为：

   • 法律背景：公安机关及其工作人员必须依法行使职权，不得滥用职权或徇私枉法。如果派出所出于不当目的（如保护特定人员、掩盖真相等）而擅自更改案件性质，这明显违反了法律规定。
   • 程序违法与刑事责任：此种行为不仅构成程序违法，还可能涉及刑事责任。相关责任人员可能面临刑事指控和严厉的法律制裁。
   • 维权途径：当事人可以向上级公安机关或检察机关举报，要求对此类违法行为进行调查和处理。

针对您的情况，我建议：

• 核实案件事实：首先，您需要确认案件是否确实属于盗窃，以及是否有充分证据支持这一认定。
• 与派出所沟通：如果认为派出所的更改决定有误，可以与派出所沟通，要求其说明更改理由，并提供相关证据。
• 寻求法律援助：如果沟通无果，您可以考虑寻求法律援助，包括咨询专业律师或向相关法律机构投诉，以维护自己的合法权益。

最后，案件性质的认定是一个复杂而严肃的过程，必须基于事实和法律。如果您对派出所的处理决定有疑问或不满，请随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。