核心结论：当最高院相关案件中违法行为人与占有人不一致时，违章建筑的处理需根据具体情况，区分不同主体的责任与权益，分别采取不同的处理方式，包括但不限于责令拆除、没收、罚款以及对合法占有人权益的保障等。

具体分析：

• 针对违法行为人：

  • 责令拆除：若违法行为人系违章建筑的建造者，且该建筑违反了城乡规划、土地管理等相关法律法规，行政机关有权责令其限期拆除违章建筑，恢复土地原状。这是基于违法行为人直接违反了相关法律规定，应当承担相应的法律责任。
  • 罚款：在责令拆除的同时或单独，行政机关还可以根据违法行为的情节轻重，对违法行为人处以罚款。罚款的数额通常根据违法建筑的面积、造价以及违法行为的持续时间等因素综合确定。
  • 没收违法所得：如果违法行为人通过建造、出租或出售违章建筑获得了经济利益，行政机关有权没收其违法所得，以剥夺其因违法行为而获得的利益。

• 针对占有人：

  • 合法占有人权益保障：若占有人并非违法行为人，而是通过合法途径（如租赁、购买但不知情等）占有违章建筑，其合法权益应得到一定程度的保障。例如，在责令拆除违章建筑时，应给予占有人合理的搬迁期限，并可能根据具体情况提供一定的补偿或安置。
  • 非法占有人处理：若占有人明知是违章建筑而故意占有，或通过非法手段占有违章建筑，行政机关在处理违章建筑时，可同时要求占有人承担相应的法律责任，如责令限期搬离、罚款等。

• 特殊情况处理：

  • 历史遗留问题：对于因历史原因形成的违章建筑，如早期因规划缺失或管理不善而建造的房屋，行政机关在处理时会更加谨慎，通常会考虑实际情况，采取更为灵活的处理方式，如补办手续、罚款后合法化等。
  • 社会稳定因素：在处理违章建筑时，行政机关还需考虑社会稳定因素，避免因处理不当而引发群体性事件或社会矛盾。因此，在处理过程中，行政机关会积极与当事人沟通，做好解释和安抚工作，确保处理工作的顺利进行。

建议：在处理涉及违法行为人与占有人不一致的违章建筑案件时，建议当事人及时咨询专业律师，了解自身权益和义务，以便在行政机关的处理过程中维护自己的合法权益。同时，当事人也应积极配合行政机关的工作，按照要求提供相关证据和资料，以便行政机关能够准确判断案件事实，作出公正合理的处理决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。