起诉后发现其中一个被告主体不存在，通常需要向法院申请变更或追加被告，或申请驳回对该不存在主体的起诉，具体处理方式需结合实际情况判断。以下是详细分析：

1. 申请变更或追加被告
   若起诉时因信息错误（如名称错误、身份信息不准确）导致被告主体“形式上不存在”，但实际存在对应主体（例如公司名称变更、自然人身份证号错误但确有其人），可向法院提交书面申请，附上正确主体的身份证明材料（如工商登记信息、户籍证明等），请求变更被告信息。法院审查后若认可，会通知正确主体参加诉讼，案件继续审理。

2. 申请驳回对该不存在主体的起诉
   若经核实被告确实不存在（如公司已注销、自然人已死亡且无遗产继承），需向法院提交证据（如注销登记证明、死亡证明等），申请驳回对该主体的起诉。此时法院会裁定终止对该主体的诉讼程序，但案件若涉及其他被告，仍会继续审理其他被告的责任。

3. 注意诉讼时效与证据固定
   若因被告不存在导致需重新起诉正确主体，需关注诉讼时效问题。根据《民法典》第188条，诉讼时效通常为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。若原起诉已中断时效（如法院已受理），重新起诉时需确保时效未过期；若已过期，需评估是否存在时效中止、中断的法定情形（如向错误主体主张权利是否构成时效中断）。

4. 程序与实体并重
   处理此类问题时，需同步关注程序合法性与实体权利主张。例如，若原起诉状中错误列明被告，可能被对方以“主体不适格”提出抗辩，此时需通过变更被告完善程序；若错误列明导致案件被驳回，可能需重新收集证据（如合同相对方实际为另一主体）以支持实体主张。

建议：发现被告主体不存在后，尽快整理正确主体的身份信息及存在证据（如工商档案、户籍信息），向法院提交书面申请并附证明材料。若涉及多个被告或复杂法律关系，可进一步说明具体情况，我会帮你分析具体操作路径。