结论：在自然资源局已对违法建设作出行政处罚的情况下，乡镇是否还需要立案查处，需根据具体情况判断，一般而言，若自然资源局的处罚已全面覆盖违法行为，乡镇无需重复立案；但若存在处罚未覆盖的情形或乡镇有特定职责，则乡镇可能仍需立案查处。以下从不同角度详细分析：
一、行政处罚的独立性原则
行政处罚遵循“一事不再罚”原则，即对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。但这一原则并不排除不同行政机关基于不同职责对同一违法行为进行不同种类的行政处罚。在违法建设领域，自然资源局可能主要从土地利用、规划许可等角度进行处罚，而乡镇政府可能基于城乡规划、村镇规划或环境卫生等角度拥有查处权。
若自然资源局的处罚已全面覆盖：如果自然资源局的行政处罚已经全面覆盖了违法建设的所有方面，包括但不限于罚款、责令拆除、恢复原状等，且这些处罚措施已经得到有效执行，那么乡镇政府通常无需再就同一违法行为立案查处。
若存在处罚未覆盖的情形：如果自然资源局的处罚仅针对了违法建设的部分方面，而乡镇政府基于其职责发现还有其他违法行为未被处罚，或者乡镇政府认为自然资源局的处罚不足以纠正违法行为，那么乡镇政府仍有权立案查处。
二、乡镇政府的特定职责
乡镇政府在城乡规划、村镇规划、环境卫生等方面拥有特定的管理职责。这些职责可能独立于自然资源局的职责，因此乡镇政府在发现违法建设时，即使自然资源局已经作出了行政处罚，乡镇政府仍可能基于其特定职责进行立案查处。
城乡规划与村镇规划：如果违法建设违反了乡镇的城乡规划或村镇规划，且这些规划是乡镇政府负责制定和执行的，那么乡镇政府有权对违法建设进行立案查处，即使自然资源局已经作出了其他方面的处罚。
环境卫生与公共安全：如果违法建设对乡镇的环境卫生或公共安全造成了影响，且这些影响是自然资源局的处罚未涵盖的，那么乡镇政府也有权基于其环境卫生或公共安全管理的职责进行立案查处。
三、实际操作中的建议
信息共享与沟通：自然资源局与乡镇政府之间应建立信息共享机制，及时沟通违法建设的查处情况，避免重复处罚和执法资源的浪费。
联合执法：对于复杂的违法建设案件，自然资源局与乡镇政府可以考虑联合执法，共同制定查处方案，确保违法行为的全面纠正。
法律适用与程序合规：无论哪个行政机关进行查处，都应确保法律适用的准确性和程序的合规性，避免因法律适用错误或程序违法而引发行政复议或行政诉讼。
总结与建议：在自然资源局已对违法建设作出行政处罚的情况下，乡镇是否还需要立案查处需根据具体情况判断。建议自然资源局与乡镇政府加强沟通与协作，共同维护城乡规划和土地利用的秩序。如果您在行政纠纷或拆迁安置领域遇到具体法律问题，欢迎直接向我咨询。