结论：在执行尚未结案但提出异议的时限已过的情况下，提出异议申请的合法性需分情况讨论，一般情况下，超过法定期限提出异议申请可能不被受理，但在特定情形下，仍有可能被视为合法或获得救济途径。
分析：
一般原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可以在法定期限内提出书面异议。这个法定期限通常是自知道或应当知道执行行为之日起一定时间内（如十日或十五日，具体根据法律规定和案件类型而定）。
- 如果超过了法定的异议期限，一般情况下，法院将不再受理该异议申请，因为异议制度的设计初衷是为了及时纠正执行中的错误，保障当事人的合法权益，而超过期限则可能损害执行程序的稳定性和效率。
特殊情形：
- 不可抗力或其他正当理由：如果当事人因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由（如严重疾病、被非法限制人身自由等）无法在法定期限内提出异议，可以在障碍消除后的合理时间内提出。这种情况下，法院可能会根据具体情况决定是否受理异议申请。
- 新证据或新情况的出现：如果在法定期限届满后，当事人发现了新的证据或出现了新情况，这些证据或情况足以证明原执行行为存在错误或违法，且该错误或违法对当事人的权益产生了重大影响，那么当事人也可以考虑向法院提出异议申请。虽然这种情况下法院受理的可能性相对较小，但并非完全不可能。
- 法院的自由裁量权：在某些特殊情况下，法院可能会根据案件的具体情况和公平正义的原则，行使自由裁量权，决定受理超过法定期限的异议申请。然而，这种情况较为罕见，且需要当事人提供充分的理由和证据。
法律后果：
- 如果法院决定不受理超过法定期限的异议申请，当事人将失去通过异议程序纠正执行行为的机会。但这并不意味着当事人完全无救济途径，他们仍然可以通过其他法律程序（如申请再审、提起诉讼等）来维护自己的合法权益。
- 如果法院决定受理超过法定期限的异议申请，并最终认定原执行行为存在错误或违法，那么法院将依法撤销或改正原执行行为，并可能对相关责任人进行处罚。
建议：
- 如果您认为执行行为存在错误或违法，且尚未超过法定期限，请尽快向法院提出书面异议申请，并附上相关证据和理由。
- 如果您已经超过了法定期限，但认为存在特殊情形或新证据、新情况的出现，建议您及时咨询专业律师，评估提出异议申请的可行性和风险，并根据律师的建议采取相应的法律行动。
- 在任何情况下，都请保持与法院的沟通联系，及时了解案件进展和法院的意见，以便更好地维护自己的合法权益。