在欠有两笔款项且已偿还部分款项的情况下，如何认定偿还的是哪笔款项，这主要取决于双方是否有明确约定以及相关证据的情况。以下是从不同角度进行的分析：
双方有明确约定：
- 如果在还款时，双方已经明确约定了偿还的是哪一笔款项，那么应当遵循这一约定。例如，通过书面协议、短信、微信聊天记录或电子邮件等方式明确指出了偿还的是哪一笔债务，这样的约定是具有法律效力的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人之间可以就债务的清偿顺序、方式等进行约定，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。
双方没有明确约定：
- 在没有明确约定的情况下，如果两笔债务均已到期，且债务人对同一债权人负担的数笔债务的种类相同，那么一般按照债务到期的先后顺序进行抵充。即先到期的债务先被偿还。
- 如果数笔债务中有的已到期，有的未到期，那么通常认为债务人优先偿还的是已到期的债务。
- 如果债务均未到期，但债务人明确表示或通过行为表明其偿还的是某一笔特定债务，那么应当尊重债务人的意愿。
- 特殊情况：如果其中一笔债务有担保或其他优先权（如抵押权、质权等），那么该笔债务可能会被优先偿还。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》中关于债务清偿顺序的规定，当债务人对同一债权人负担的数项债务种类相同，且债务人的给付不足以清偿全部债务时，除当事人另有约定外，由债务人在清偿时指定其履行的债务。若债务人未作指定，则按照债务到期的先后顺序、负担较重的债务优先履行等规则进行清偿。
证据的重要性：
- 在没有明确约定或约定不明确的情况下，证据将成为认定偿还哪笔款项的关键。因此，建议保留好所有与还款相关的证据，如转账记录、收据、聊天记录等。
- 如果发生纠纷，这些证据将有助于法院或仲裁机构查明事实，作出公正的裁决。
建议：
- 在还款时，尽量与债权人明确约定偿还的是哪一笔款项，并保留好相关证据。
- 如果无法明确约定或约定不明确，建议按照债务到期的先后顺序进行偿还，并保留好还款记录。
- 如果发生纠纷，及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。