关于原告主张被告已还款两三千，还款数额的认定需结合证据规则和法律程序综合判断，具体分析如下：

1. 举证责任分配原则
   根据《民事诉讼法》第67条，原告主张被告还款需承担初步举证责任。若原告仅口头陈述而无证据支持，法院通常不予采信；若原告提供转账记录、收条、聊天记录等证据，举证责任转移至被告，被告需提出反证（如主张款项性质为赠与、借款或其他法律关系）。

2. 证据效力认定规则

• 直接证据优先：银行转账记录、第三方支付平台交易明细等书面证据效力最高，若显示被告账户向原告账户转入两三千元，且无相反证据，法院一般直接认定还款事实。
  
• 间接证据补强：若原告提供录音、短信等间接证据，需形成完整证据链（如录音中被告承认还款、短信内容明确还款金额），否则可能因证据不足被驳回。
  
• 自认规则适用：若被告在庭审中承认还款事实（包括金额），根据《民事证据规定》第3条，法院可直接认定，无需原告进一步举证。

1. 特殊情形处理
   

• 现金还款争议：若被告主张现金还款，需提供收条或证人证言。根据《民间借贷司法解释》第16条，被告抗辩已还款但未提供证据的，法院结合借贷金额、交易习惯等因素综合判断。
  
• 部分还款认定：若被告主张还款金额超过两三千（如五千元），但原告仅认可两三千，被告需对超额部分承担举证责任，否则法院仅认定原告自认部分。
  
• 还款用途争议：若被告主张款项用于偿还其他债务（如利息、违约金），需根据合同约定或法律规定举证，否则法院按本金还款处理。

实务建议：若您是原告，需保存转账记录、沟通记录等原始载体；若您是被告，建议通过书面形式确认还款事实（如补签收条）。具体案件需结合证据细节分析，您可直接向我提供材料进一步咨询。