结论：合同中甲方一般不可以直接指定乙方负责人，但具体是否可行需结合合同性质、行业惯例及双方协商情况综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 合同自由原则与限制

根据《民法典》第四百六十五条，合同内容由当事人约定，但不得违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。

• 若合同未明确约定：甲方无权单方面要求乙方更换负责人，否则可能构成对乙方内部管理权的干涉。
  
• 若合同明确约定：例如在合作协议中约定“乙方需指定XX为项目负责人”，且该条款不违反法律（如不涉及就业歧视、强制劳动等），则乙方需履行约定，否则可能构成违约。

2. 行业惯例与特殊合同类型

• 建设工程合同：根据《建筑法》及相关规定，项目经理需具备相应资质并登记备案。若甲方要求乙方更换无资质或违规的项目经理，属于合法要求。
  
• 劳务派遣合同：甲方作为用工单位，可要求派遣单位更换不符合岗位要求的劳动者（即实际负责人），但需符合《劳动合同法》第六十五条关于“用工单位不得将被派遣劳动者再派遣到其他用人单位”等限制。
  
• 特许经营合同：若合同约定乙方需按甲方标准配备管理人员（如品牌方要求加盟店店长需通过培训考核），则甲方有权要求更换不合格人员。

3. 甲方指定负责人的合法性边界

即使合同允许甲方指定负责人，也需满足以下条件：

• 合理性：指定需与合同目的直接相关（如技术合作中需指定具备特定技能的人员）。
  
• 非歧视性：不得以性别、年龄、民族等禁止性理由指定人员。
  
• 程序合法：需通过协商一致或合同约定的程序进行，不得强制要求。
  示例：若甲方仅因个人偏好要求乙方更换负责人，而该人员能力符合合同要求，乙方有权拒绝。

4. 法律后果与风险防范

• 若甲方强行指定：乙方可主张合同无效或要求赔偿损失（如因频繁更换负责人导致项目延误的损失）。
  
• 若乙方拒绝指定：甲方可依据合同约定追究违约责任，或通过协商、调解、诉讼等方式解决争议。
  建议：双方可在合同中明确负责人更换的条件、程序及违约责任，例如约定“因乙方负责人失职导致项目损失超过XX元的，甲方有权要求更换”。

5. 实务操作建议

• 签订合同前：明确负责人职责、更换条件及争议解决方式，避免模糊条款。
  
• 履行过程中：保留沟通记录（如邮件、会议纪要），证明更换负责人的合理性或必要性。
  
• 争议发生时：优先通过协商解决，必要时委托律师发送律师函或提起诉讼。

总结：合同中甲方能否指定乙方负责人需结合具体条款、行业规则及法律规定判断。若您遇到此类纠纷，可直接向我咨询，我会结合合同文本及实际履行情况提供针对性建议。