结论：甲方是否可以指定公司履行义务和做结算，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果合同中明确规定了甲方有权指定公司（可能是第三方）来履行合同中的部分或全部义务，并且也明确了结算方式及结算对象（包括是否可以由甲方指定的公司进行结算），那么甲方就有权按照合同约定进行指定。
- 反之，如果合同中没有此类明确约定，甲方则无权单方面指定公司来履行义务或进行结算，除非得到合同另一方的明确同意。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同的履行应当遵循诚实信用原则，且合同双方应当按照约定全面履行自己的义务。如果甲方的指定行为违反了法律法规的强制性规定，或者损害了合同另一方的合法权益，那么该指定行为可能是无效的。
- 特别是当涉及结算时，如果甲方指定的公司并非合同当事人，且没有合法的授权或代理关系，那么该公司的结算行为可能无法得到法律认可，甚至可能构成无权代理或表见代理等法律问题。
实际操作建议：
- 对于甲方而言，如果希望指定公司来履行义务或进行结算，应当在合同中明确约定相关条款，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害合同另一方的合法权益。
- 对于合同另一方而言，如果甲方提出指定公司的要求，应当仔细审查合同条款及相关法律法规，评估该指定行为是否合法、合理，并据此作出决策。如果认为甲方的指定行为存在问题，可以及时与甲方沟通协商，或者寻求法律途径解决争议。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份采购合同，约定由乙方提供货物给甲方。如果合同中明确规定了甲方有权指定物流公司来运输货物，并且也明确了结算方式（如由甲方直接与物流公司结算运费），那么甲方就有权按照合同约定指定物流公司。但如果合同中没有此类约定，甲方则无权单方面指定物流公司或要求与物流公司直接结算。
法律后果提示：如果甲方未经合同另一方同意，擅自指定公司履行义务或进行结算，且该行为违反了合同约定或法律法规的强制性规定，那么甲方可能需要承担违约责任、赔偿责任等法律后果。因此，在进行此类操作时，务必谨慎行事，并确保所有行为都符合法律法规和合同约定。
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