结论：甲方可以指定乙方付款给其下属单位，但这一行为需满足一定条件并受到法律限制，具体如下：

1. 合同约定优先：

   • 如果甲乙双方在合同中明确约定了乙方需向甲方的下属单位支付款项，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这一指定是有效的。合同是双方意思自治的体现，只要内容合法，双方均应遵守。

2. 合法性与合理性：

   • 甲方指定乙方付款给下属单位的行为，必须确保合法性和合理性。合法性指的是该行为不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得涉及洗钱、逃税等违法行为。合理性则指的是该行为应符合商业惯例和交易习惯，不得损害乙方的合法权益。

3. 乙方同意与知情权：

   • 尽管合同中可能有相关约定，但乙方在付款前仍有权了解付款对象的详细信息，包括其与甲方的关系、付款用途等。如果乙方对付款对象存在疑虑或认为可能损害其利益，有权拒绝付款或要求甲方提供进一步的解释和证明。

4. 税务与财务处理：

   • 甲方指定乙方付款给下属单位时，还需考虑税务和财务处理的问题。例如，该付款是否应视为甲方的收入或费用，是否需要开具发票等。这些问题可能涉及到税法和财务法规的适用，需要双方谨慎处理。

5. 潜在风险与防范：

   • 甲方指定乙方付款给下属单位的行为，可能存在一定的潜在风险，如下属单位可能无法按时履行义务、可能存在欺诈行为等。为了防范这些风险，甲方应确保下属单位的信誉和履约能力，并在合同中明确约定违约责任和争议解决方式。