结论：针对公司有经济纠纷且实际控制人不是法人的情况，要出具书面文件说明纠纷与法人无关，通常可以通过撰写《声明书》或《情况说明》并由相关方签署确认的方式来实现。但具体操作需根据纠纷性质、公司章程及法律规定来综合判断，以下从不同角度详细分析。
一、书面文件的内容与形式
《声明书》或《情况说明》的内容：
- 明确纠纷事实：详细描述经济纠纷的具体情况，包括纠纷的起因、经过、涉及金额等。
- 澄清法人角色：明确指出法人（即公司法定代表人）并未直接参与纠纷，或其行为并非代表公司意志，或其行为已超出法人权限范围。
- 说明实际控制人情况：阐述实际控制人的身份、与公司的关系以及其在纠纷中的角色和责任。
- 法律后果承担：明确纠纷的法律后果由谁承担，如实际控制人自愿承担或公司其他股东/管理层承担等。
书面文件的形式：
- 由实际控制人出具：如果实际控制人愿意承担纠纷责任，可以由其出具书面声明，明确表示纠纷与其个人行为有关，与法人无关。
- 由公司出具并经相关方确认：公司可以出具情况说明，详细阐述纠纷情况及法人无关的事实，并由实际控制人、公司股东或其他相关方签署确认。
二、法律层面的考虑
公司法规定：
- 根据《公司法》的相关规定，法人（法定代表人）是代表公司行使职权的负责人。但在某些情况下，如法人超越权限或未履行忠实义务，其行为可能不被认定为公司行为。
- 如果实际控制人通过控制公司决策或管理来影响公司行为，且其行为导致纠纷，那么实际控制人可能需要承担相应责任。
合同相对性原则：
- 在经济纠纷中，合同相对性原则是一个重要原则。即合同只对签约双方具有约束力，对第三方无约束力。如果纠纷是基于合同产生的，那么需要分析合同签约方及合同内容，以确定责任归属。
证据收集与保全：
- 在出具书面文件前，应充分收集与纠纷相关的证据，如合同、交易记录、沟通记录等，以证明法人并未直接参与纠纷或其行为与纠纷无关。
- 同时，考虑对书面文件进行公证或律师见证，以增强其法律效力。
三、实际操作建议
咨询专业律师：
- 在出具书面文件前，建议咨询专业律师，以确保文件内容合法、有效且符合公司利益。虽然此处我作为律师给出了建议，但具体操作仍需根据实际情况和当地法律规定来调整。
内部决策程序：
- 如果书面文件需要由公司出具，应确保经过公司内部决策程序（如股东会或董事会决议）的批准，以避免后续纠纷。
与相关方沟通：
- 在出具书面文件前，与纠纷对方、实际控制人、公司股东等相关方进行充分沟通，确保各方对文件内容无异议，并签署确认。
示例：假设公司A与供应商B发生经济纠纷，实际控制人为C，法人为D。为证明纠纷与D无关，可以撰写如下《情况说明》：“公司A与供应商B之间的经济纠纷，系由实际控制人C的个人行为导致，与法人D无关。D作为公司A的法定代表人，并未直接参与该纠纷的谈判、签约或执行过程。特此说明。”该说明应由公司A盖章，并由C、D及公司其他股东签署确认。
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