核心结论：当企业实际控制人并非法人，而法人控制了公司时，实际控制人可通过法律途径维护自身权益，具体可从以下角度分析和处理：

1. 核查公司章程与股东协议
   首先需核查公司章程、股东协议或合伙协议中关于公司控制权、决策机制、股东权利的约定。若章程或协议中明确规定了实际控制人的特殊权利（如一票否决权、董事任命权等），而法人违反约定擅自控制公司，实际控制人可依据协议主张权利，要求法人停止侵权行为并恢复原状。例如，若章程规定重大事项需经实际控制人同意，而法人未经同意擅自决策，实际控制人可主张该决策无效。

2. 通过股东会或董事会行使权利
   实际控制人虽非法人，但若通过股权或协议安排实际控制公司（如隐名股东、一致行动人等），可通过召集股东会或董事会，依据《公司法》及章程规定行使表决权，罢免法人代表或改选董事会，从而重新掌握公司控制权。需注意，召集程序需符合法律规定（如提前通知、表决权比例等），否则决议可能被撤销。

3. 追究法人滥用职权的法律责任
   若法人利用控制地位损害公司或其他股东利益（如转移资产、关联交易、侵占公司财产等），实际控制人可依据《公司法》第21条、第149条等规定，以股东身份直接起诉法人，要求其赔偿公司损失；或依据《刑法》第169条之一（背信损害上市公司利益罪，如涉及上市公司）追究刑事责任。此外，若法人行为构成职务侵占或挪用资金，还可通过刑事报案维护权益。

4. 申请法院解散公司（极端情况）
   若法人控制公司导致公司经营管理发生严重困难（如“公司僵局”），继续存续会使股东利益遭受重大损失，且通过其他途径无法解决，实际控制人可依据《公司法》第182条向法院申请解散公司。需注意，此为终极手段，需满足“经营管理严重困难”等条件，法院审查严格。

5. 通过协议安排提前防范风险
   为避免类似纠纷，实际控制人可在事前通过协议明确控制权（如签订《一致行动协议》《表决权委托协议》），或在章程中设置“金色降落伞”条款（如法人离职时需转让股权），从制度层面保障自身权益。

行动建议：

• 立即收集法人控制公司的证据（如决议文件、财务记录、沟通记录等）；
  
• 委托律师分析章程、协议及法人行为是否违法；
  
• 根据律师建议选择协商、诉讼或刑事报案等途径维权。
  

如有进一步细节（如公司类型、股权结构、法人具体行为等），可向我补充说明，以便提供更精准的方案。