结论：公司实际经营人若不是法人也不是股东，在与公司法人签订协议时，需明确协议性质、内容、双方权利义务，并确保协议合法有效。以下从多个角度详细分析：
一、协议性质与目的
明确协议性质：
- 实际经营人与法人签订的协议，可能是委托经营协议、合作协议、管理协议等，具体取决于双方的合作模式和目的。
- 协议应明确双方的法律关系，如是否构成委托关系、合作关系或雇佣关系等，以便确定各自的权利和义务。
确定协议目的：
- 协议应明确双方的合作目的，如共同经营公司、管理公司事务、分享公司利润等。
- 明确的协议目的有助于双方在履行协议过程中保持一致，减少纠纷。
二、协议内容要点
双方基本信息：
- 协议应包含实际经营人和法人的姓名、身份证号码（或统一社会信用代码）、联系方式等基本信息。
合作内容与方式：
- 详细描述双方的合作内容，如实际经营人负责公司的日常经营管理，法人负责提供资金支持或资源整合等。
- 明确合作方式，如是否共同出资、是否共享利润、是否共担风险等。
权利与义务：
- 明确双方在合作中的权利和义务，如实际经营人享有经营管理权，但需遵守公司章程和法律法规；法人享有监督权，但不得干涉实际经营人的正常经营管理等。
- 双方应约定在合作过程中应遵守的保密义务、竞业禁止义务等。
利益分配与风险承担：
- 协议应明确双方如何分配合作产生的利润，以及如何承担合作过程中可能出现的风险。
- 利益分配和风险承担的方式应公平合理，符合双方的合作目的和实际情况。
协议期限与终止：
- 约定协议的期限，以及协议终止的条件和程序。
- 协议终止时，双方应如何处理合作期间的财产、债务等事项。
三、确保协议合法有效
遵守法律法规：
- 协议内容应符合《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定。
- 避免协议中出现违法违规的条款，如非法集资、逃税漏税等。
双方自愿签订：
- 协议应是双方自愿签订的，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 双方应在协议上签字或盖章，以表示对协议内容的认可和接受。
必要时进行公证或见证：
- 为了增强协议的证明力和执行力，双方可以考虑对协议进行公证或见证。
- 公证或见证可以确保协议的真实性和合法性，为双方提供更强的法律保障。
四、特殊情况考虑
股东会或董事会决议：
- 如果实际经营人的行为涉及公司重大事项，如对外投资、重大资产处置等，可能需要经过股东会或董事会的决议。
- 在这种情况下，实际经营人应与法人协商，确保相关决议符合公司章程和法律法规的规定。
公司章程的约束：
- 实际经营人在行使经营管理权时，应遵守公司章程的规定。
- 如果公司章程对实际经营人的权限有明确限制，实际经营人应与法人协商修改公司章程或遵守相关规定。
建议：在实际操作中，建议双方在签订协议前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。同时，双方应保持良好的沟通，及时解决合作过程中出现的问题，共同推动公司的健康发展。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。