关于全资子公司法人不是同一个公司时是否需要签署第三方协议的问题，这并非一个绝对的要求，而是需要根据具体情况来判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同相对性原则：

   • 在一般的商业交易中，合同具有相对性，即合同主要约束合同双方当事人。如果全资子公司与其交易对方（非母公司）之间的交易，按照合同相对性原则，通常不需要母公司作为第三方签署协议，除非合同中有特别约定或法律有特别规定。

2. 母公司与子公司的关系：

   • 母公司作为子公司的唯一股东，对子公司有控制权，但这并不意味着母公司需要参与子公司所有的商业交易。子公司作为独立的法人实体，有权以自己的名义进行商业活动，包括签署合同。
   • 如果母公司希望确保子公司的交易符合其整体战略或风险控制要求，可以通过公司章程、内部管理制度或股东协议等方式进行规范，而不一定需要通过签署第三方协议来实现。

3. 特定交易场景下的需求：

   • 在某些特定交易场景下，如子公司需要母公司提供担保、增信或资金支持时，可能会涉及签署第三方协议。这种情况下，第三方协议通常是为了明确母公司的责任、义务或担保范围等。
   • 另外，如果交易涉及复杂的法律结构或多方利益，为了保障交易的安全和顺利进行，也可能需要签署第三方协议来明确各方的权利和义务。

4. 法律合规性考虑：

   • 在决定是否签署第三方协议时，还需要考虑法律合规性问题。例如，如果签署第三方协议违反了相关法律法规或监管要求，那么这种协议可能是无效的或会面临法律风险。
   • 因此，在签署任何协议之前，建议进行充分的法律尽职调查，确保协议内容合法合规。

建议：

• 在决定是否需要签署第三方协议时，首先应明确交易的具体内容和目的，以及各方的角色和责任。
• 如果交易相对简单且符合合同相对性原则，通常不需要母公司作为第三方签署协议。
• 如果交易涉及复杂法律结构、多方利益或需要母公司提供特别支持时，可以考虑签署第三方协议来明确各方的权利和义务。
• 在签署任何协议之前，务必进行充分的法律尽职调查，确保协议内容合法合规，并咨询专业律师的意见。

如果你有更具体的交易场景或需求，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。