结论：车贷提前还款违约金扣了再退，通常意味着在提前还款时，银行或贷款机构先按照合同约定扣除了违约金，但后续又基于某些原因（如协商、合同条款调整或政策变化等）将部分或全部违约金退还给了借款人。以下是对此问题的详细分析：
一、违约金扣除的法律依据与合同约定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。在车贷合同中，提前还款往往被视为一种违约行为，因为贷款机构原本预期通过贷款期限内的利息收入来获得收益，提前还款则打乱了这一预期。
合同约定：
- 车贷合同中通常会明确约定提前还款的相关条款，包括是否需要支付违约金、违约金的计算方式等。借款人在签订合同时应仔细阅读这些条款，并了解提前还款可能产生的费用。
二、违约金扣了再退的可能原因
协商退还：
- 借款人可能与贷款机构进行了协商，成功争取到了违约金的减免或退还。这通常发生在借款人经济状况困难、贷款机构出于客户关系维护考虑或双方就提前还款事宜达成了新的协议等情况下。
合同条款调整：
- 贷款机构可能基于市场变化、政策调整或内部风险管理需要，对车贷合同中的提前还款条款进行了修改。如果修改后的条款对借款人更为有利，比如降低了违约金比例或取消了违约金，那么已经扣除的违约金可能会被退还。
政策变化：
- 政府或监管机构可能出台了相关政策，要求贷款机构对提前还款违约金进行限制或调整。如果贷款机构需要遵守这些政策，那么已经扣除的违约金也可能会被退还。
三、借款人的应对策略与建议
仔细阅读合同：
- 借款人在签订车贷合同时，应仔细阅读合同中的提前还款条款，了解违约金的计算方式和退还政策。这有助于借款人在提前还款时做出明智的决策。
与贷款机构沟通：
- 如果借款人希望提前还款并避免或减少违约金，可以与贷款机构进行沟通。通过解释自己的经济状况、还款意愿或提出合理的还款方案，借款人可能争取到贷款机构的谅解和支持。
关注政策变化：
- 借款人应关注政府或监管机构出台的相关政策，了解这些政策对车贷提前还款违约金的影响。如果政策有利于借款人，可以及时与贷款机构沟通并争取权益。
保留相关证据：
- 如果贷款机构扣除了违约金但后续又退还了部分或全部金额，借款人应保留好相关证据（如还款记录、退款凭证等）。这些证据在后续可能出现的纠纷中具有重要的证明作用。
进一步思考：车贷提前还款违约金扣了再退的情况虽然不常见，但并非不可能发生。借款人在面对这种情况时，应保持冷静并仔细分析原因。如果认为贷款机构的行为存在不当之处或侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向相关监管机构投诉。同时，我也建议借款人在未来的贷款合同中更加关注提前还款条款，以避免类似情况的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。