结论：工程完工三年都没有付清工程款，您可以通过协商、发送催款函、提起诉讼或申请仲裁等多种途径来维护自己的合法权益。
详细分析：
协商解决：
- 首先，您可以尝试与发包方进行友好协商，了解对方未付清工程款的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以协商分期付款、延期付款等，以减轻对方的资金压力，同时也保障您的权益。
发送催款函：
- 如果协商无果，您可以委托律师或自行向发包方发送催款函。催款函应明确列出未付清的工程款金额、付款期限以及逾期付款的法律后果，以正式的方式提醒对方履行付款义务。
提起诉讼：
- 若发包方在催款函规定的期限内仍未付款，您可以考虑向法院提起诉讼。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，发包方未按照约定支付价款的，承包方可以催告发包方在合理期限内支付价款。发包方逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包方可以与发包方协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
- 在提起诉讼时，您需要准备充分的证据，如合同、工程验收单、催款函等，以证明发包方未付清工程款的事实。
申请仲裁：
- 如果您与发包方在合同中约定了仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，您也可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活，且仲裁裁决具有法律效力，可以强制执行。
法律后果与风险提示：
- 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。虽然您的情况已经超过了通常的诉讼时效起算点（即知道或应当知道权利受到损害之日起），但如果您能证明在此期间内曾向发包方主张过权利（如发送催款函、协商等），则诉讼时效可能会中断并重新计算。因此，及时采取行动至关重要。
- 执行风险：即使您赢得了诉讼或仲裁，如果发包方没有足够的财产可供执行，您也可能面临执行难的问题。因此，在提起诉讼或仲裁前，建议您对发包方的财产状况进行一定的调查。
建议行动：
- 立即与发包方进行协商，了解对方未付款的具体原因，并寻求解决方案。
- 如果协商无果，尽快委托律师发送催款函，并保留好相关证据。
- 考虑提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，务必注意诉讼时效的问题，并及时采取行动。
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