结论：起诉离婚时，即使因感情破裂分居三年，双方仍然住在同一住所并见面，并不违反法律规定，但可能影响法院对“感情破裂”的认定，进而影响离婚判决。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律对分居与离婚的规定
分居的定义与目的：
- 分居通常指的是夫妻双方因感情不和或其他原因，不再共同居住生活，但并未正式解除婚姻关系。
- 在离婚纠纷中，分居往往被视为感情破裂的一个重要表现，尤其是当分居时间较长时。
法律对分居时间的要求：
- 根据《民法典》的相关规定，因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。这是法律对分居时间与离婚关系的一个明确规定。
- 然而，这一规定并不意味着只要分居满二年就一定能离婚，还需要满足“调解无效”的条件，即法院在调解过程中，双方无法达成和解。
二、住在同一住所并见面的影响
对分居事实的认定：
- 如果双方虽然分居但仍然住在同一住所，并经常见面，这可能会使法院对“分居”事实的认定产生疑问。
- 法院可能会认为，尽管双方可能不在同一房间居住，但仍然存在共同生活的可能性，从而质疑分居的真实性和持续性。
对感情破裂的认定：
- 住在同一住所并见面，可能表明双方之间仍然存在一定的联系和互动，这可能会影响法院对“感情破裂”的认定。
- 法院在判断感情是否破裂时，会综合考虑多种因素，包括双方的分居情况、沟通方式、是否存在暴力或虐待等。如果双方仍然保持一定的联系，法院可能会认为感情尚未完全破裂。
三、法律建议
明确分居事实：
- 如果双方确实因感情破裂而分居，并希望以此作为离婚的依据，建议双方明确分居的事实，包括分居的时间、地点、原因等。
- 可以保留相关证据，如租房合同、水电费账单、通信记录等，以证明双方确实处于分居状态。
减少不必要的见面：
- 为了避免给法院留下“感情尚未破裂”的印象，建议双方在分居期间减少不必要的见面和互动。
- 如果确实需要见面，可以保持礼貌和尊重，但避免涉及感情问题或产生争执。
积极寻求法律帮助：
- 离婚纠纷涉及复杂的法律问题和情感纠葛，建议双方积极寻求法律帮助，了解自己的权利和义务。
- 可以咨询专业律师，制定合适的离婚策略，并准备充分的证据来支持自己的主张。
四、可能的法律后果
离婚判决的影响：
- 如果法院认为双方虽然分居但仍然住在同一住所并见面，可能会质疑分居的真实性和感情破裂的程度，从而影响离婚判决。
- 在极端情况下，法院可能会认为双方感情尚未破裂，从而驳回离婚请求。
对子女抚养和财产分割的影响：
- 离婚判决不仅涉及婚姻关系的解除，还涉及子女抚养和财产分割等问题。
- 如果法院认为双方感情尚未完全破裂，可能会在子女抚养和财产分割方面做出不利于提出离婚一方的判决。
总结：起诉离婚时，即使因感情破裂分居三年，双方仍然住在同一住所并见面并不违反法律规定，但可能影响法院对“感情破裂”和“分居事实”的认定。因此，建议双方在分居期间明确分居事实、减少不必要的见面，并积极寻求法律帮助以维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。