针对您提出的“联建项目违反三部委规定如何处理”的问题，这通常涉及到工程建设领域的行政处罚及纪律处分等多个方面。以下是我根据相关法律法规和条例，为您提供的详细解答：
一、行政处罚层面
处罚依据：
- 主要依据《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国建筑法》以及住房和城乡建设部制定的相关行政处罚裁量权实施办法和裁量基准。
处罚种类：
- 对于违反规定的联建项目，可能面临的行政处罚包括停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书（针对企业）；以及停止执业、吊销执业资格证书（针对个人）。
处罚程序：
- 地方各级住房和城乡建设主管部门在发现违法行为后，应依据法律法规提出行政处罚建议，并逐级上报至住房和城乡建设部。
- 住房和城乡建设部在收到建议后，将依据法律法规和裁量基准实施行政处罚，并确保程序正当、合法合理。
处罚公示与记录：
- 行政处罚决定作出后，将在住房和城乡建设部门户网站公示，并记入全国建筑市场监管公共服务平台，以形成有效的监管和惩戒机制。
二、纪律处分层面（如涉及公职人员或党员干部）
处分依据：
- 主要依据《中国共产党纪律处分条例》等相关党内法规，特别是针对借民生项目违规建设楼堂馆所等行为有明确规定。
处分种类：
- 对于直接责任者和领导责任者，根据违纪情节的轻重，可能给予警告、严重警告、撤销党内职务等处分。
违纪行为认定：
- 包括名义造假（以民生名义立项实际违规建设）、程序违规（未批先建、规避审批等）、资金挪用（挤占挪用民生专项资金）、建设超标（改变建设标准、超面积建设等）以及用途异化（民生项目功能变为机关办公等）等。
三、综合处理建议
立即停止违法行为：
- 一旦发现联建项目违反三部委规定，应立即停止相关建设活动，防止违法行为的继续和扩大。
配合调查与整改：
- 积极配合住房和城乡建设主管部门或其他相关部门的调查工作，如实提供情况，并按照要求进行整改。
承担法律责任：
- 根据行政处罚和纪律处分的决定，承担相应的法律责任，包括接受处罚、改正错误、恢复原状等。
加强内部管理：
- 建立健全内部管理制度，加强对联建项目的监管和风险控制，防止类似违法行为的再次发生。
综上所述，联建项目违反三部委规定的处理涉及行政处罚和纪律处分等多个方面。建议您根据具体情况，及时咨询专业律师或相关部门的意见，以确保合法合规地处理相关问题。