工伤协议不公平的情况下，申请仲裁确实有时间限制，这个时间限制通常被称为劳动争议仲裁时效。具体来说：
仲裁时效的一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这意味着，从你知道或者应当知道你的权益被侵害之日起一年内，你需要向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。
仲裁时效的特殊情况：
- 如果你在劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，那么仲裁时效的计算会有所不同。根据同一法律条款，这种情况下，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但是，需要注意的是，如果劳动关系终止，那么你应当自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。
- 对于工伤协议不公平的情况，如果涉及到的是工伤赔偿等劳动报酬类争议，且你在劳动关系存续期间，那么理论上你可以不受一年时效的限制。但一旦劳动关系终止，就需在一年内提出仲裁。不过，更常见的是，工伤协议不公平可能涉及的是对工伤认定、伤残等级评定或赔偿金额等具体条款的争议，这些通常不属于“拖欠劳动报酬”的范畴，因此应适用一般的一年仲裁时效。
仲裁时效的中断与中止：
- 仲裁时效并非一成不变。如果你在仲裁时效期间内因不可抗力或其他正当理由无法申请仲裁，仲裁时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
- 如果你向对方主张权利、请求调解或向有关部门投诉等，仲裁时效会中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
不公平工伤协议的处理建议：
- 如果你认为工伤协议不公平，首先应尝试与对方协商，看是否能够达成一个更公平合理的协议。
- 如果协商无果，且你仍在仲裁时效期间内，那么你可以向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，要求撤销或变更不公平的工伤协议。
- 在申请仲裁前，建议你收集好相关证据，如工伤认定书、伤残等级评定书、工伤协议文本等，以便在仲裁过程中证明你的主张。
总结来说，工伤协议不公平的情况下，申请仲裁的时间限制通常为一年，但具体可能因情况而异。如果你认为自己的权益受到了侵害，且仍在仲裁时效期间内，那么建议你尽快采取行动，向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。