店长侵占店铺货款，既可能属于民事纠纷，也可能构成刑事案件，具体取决于侵占的金额、行为性质以及造成的后果等因素。以下从不同角度进行分析：
一、民事纠纷角度
如果店长侵占的货款金额较小，或者虽然金额较大但尚未达到刑事立案标准，且该行为主要侵犯的是店铺的财产权益，那么这种情况通常被视为民事纠纷。店铺可以通过民事诉讼的方式，要求店长返还侵占的货款，并可能要求赔偿因此造成的损失。
二、刑事案件角度
如果店长侵占的货款金额较大，且符合刑法中关于职务侵占罪或侵占罪的构成要件，那么这种情况就可能构成刑事案件。具体来说：
职务侵占罪：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。如果店长作为店铺的工作人员，利用职务上的便利侵占货款，且数额达到刑事立案标准，那么就可能构成职务侵占罪。
侵占罪：如果店长并非店铺的工作人员，或者虽然作为工作人员但侵占的财物并非利用职务上的便利取得，且数额较大，拒不交还的，那么可能构成侵占罪。不过，侵占罪通常针对的是代为保管的他人财物或者遗忘物、埋藏物等，对于店铺货款这种直接的经济利益，职务侵占罪更为适用。但具体还需根据案件事实和法律规定进行判断。
三、法律建议
收集证据：无论属于民事纠纷还是刑事案件，收集证据都是关键。店铺应尽可能收集与店长侵占货款相关的证据，如账目记录、交易凭证、证人证言等。
咨询专业律师：由于法律问题的复杂性，建议店铺在发现店长侵占货款后，及时咨询专业律师。律师可以根据案件事实和法律规定，为店铺提供具体的法律建议和解决方案。
考虑报案或起诉：如果店长侵占的货款金额较大，且涉嫌犯罪，店铺可以考虑向公安机关报案。如果属于民事纠纷，店铺则可以通过民事诉讼的方式维护自己的合法权益。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和解决方案。