核心结论：兄妹可以通过签订一份详细的《房屋共有及使用协议》来明确各自的权利和义务，特别是妹妹对其中一间房屋的共有份额（六分之一）及使用、管理等相关事宜。以下是从法律角度给出的具体分析和建议：

1. 协议主体与目的

   • 主体：协议应明确兄妹双方为协议的当事人，即甲方（哥哥/姐姐）和乙方（妹妹）。
   • 目的：协议应清晰表述签订的目的，即确认妹妹对三居室房屋中其中一间的共有份额（六分之一），并规定双方在使用、管理、收益、处分等方面的权利和义务。

2. 房屋信息与共有份额

   • 房屋信息：协议应详细描述房屋的具体信息，包括但不限于房屋地址、面积、户型、产权证号等。
   • 共有份额：明确妹妹对房屋的共有份额为六分之一，并说明这一份额是基于何种原因或约定（如家庭内部分配、赠与、继承等）。

3. 使用与管理

   • 使用规定：协议应规定妹妹对其共有份额对应的房间享有使用权，包括居住、出租等（需根据实际情况和双方协商确定）。同时，也可以约定其他房间的使用方式，以及公共区域（如客厅、厨房、卫生间等）的共同使用规则。
   • 管理责任：明确双方对房屋的维护、修缮、保险等管理责任的分担方式。例如，可以约定按照共有份额的比例分担相关费用。

4. 收益与处分

   • 收益分配：如果房屋产生租金收入或其他收益，协议应规定收益的分配方式。通常，收益会按照共有份额的比例进行分配。
   • 处分限制：协议可以约定对房屋的处分（如出售、抵押、赠与等）需经双方共同同意，并明确处分时的程序、条件及收益分配等事项。这有助于保护妹妹的权益，防止哥哥/姐姐单方面处分房屋。

5. 违约责任与争议解决

   • 违约责任：协议应规定如果一方违反协议约定，应承担的违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
   • 争议解决：约定双方在履行协议过程中发生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。这有助于在争议发生时快速、有效地解决问题。

6. 其他条款

   • 协议变更与解除：可以约定协议变更或解除的条件和程序。
   • 通知与送达：明确双方在履行协议过程中的通知与送达方式，确保信息畅通。
   • 生效与期限：规定协议的生效时间和期限（如果适用）。

建议：

• 在签订协议前，建议双方充分沟通，明确各自的需求和期望，确保协议内容公平、合理。
• 协议应尽可能详细、具体，避免模糊不清或产生歧义。
• 签订协议时，建议双方都在场，并由专业律师或法律工作者见证或协助起草，以确保协议的合法性和有效性。
• 协议签订后，双方应妥善保管协议原件，并遵守协议约定，共同维护房屋的共有关系。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。