结论：专升本期间学校签的三方协议是否可以违约，主要取决于三方协议的具体内容以及相关法律法规的规定。以下从多个角度进行详细分析：
三方协议的性质与目的：
- 三方协议是毕业生、用人单位和学校三方为了明确毕业生就业工作中的权利和义务而签订的协议。它并不直接涉及专升本的报考、毕业证获取和档案调动等事宜。因此，从协议性质上看，专升本并不直接构成对三方协议的违约。
违约金的约定与合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。然而，在三方协议中，如果没有就业单位提供专项培训、约定服务期等特殊情况，通常毕业生在专升本后解除三方协议并不需要承担违约责任，也不需要支付违约金。这是因为《劳动合同法》特别规定了只有违反服务期约定和违反竞业限制义务的情况才需要支付违约金。
协议内容的审查：
- 如果三方协议中明确约定了专升本属于违约情形，并且设定了违约金条款，且该条款符合法律法规的强制性规定（如违约金数额合理），那么毕业生在专升本时就可能构成违约，需要按照协议约定支付违约金。
- 如果协议中没有将专升本列为违约情形，或者对专升本后是否违约及违约金问题没有相关约定，那么毕业生专升本一般不需要支付违约金。
违约金的合理性：
- 即使协议中约定了违约金，该约定也应当合理、合法。如果约定的违约金过高，毕业生有权请求法院或仲裁机构适当调整降低。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，有些用人单位可能会考虑到学生继续深造的意愿以及自身的社会形象等因素，即使协议中有违约条款，也可能会选择不追究学生的违约责任。但这并不意味着毕业生可以随意违约，因为一旦用人单位选择追究，毕业生仍需承担相应的法律责任。
法律建议：
- 对于已经签了三方协议但想要专升本的毕业生来说，应首先仔细阅读协议内容，特别是关于违约金的部分。
- 如果协议中有关于专升本的违约条款，且毕业生认为该条款不合理或违法，可以与用人单位协商修改或解除协议。
- 如果协商无果，毕业生可以寻求法律援助或向我咨询，以获取更准确的法律意见和帮助。
可能的法律后果：
- 如果毕业生专升本构成违约，且协议中约定了合法的违约金条款，那么毕业生可能需要支付违约金。
- 如果毕业生拒绝支付违约金，用人单位可能会通过法律途径追究毕业生的法律责任，包括但不限于提起诉讼、申请仲裁等。
综上所述，专升本期间学校签的三方协议是否可以违约，需要根据协议的具体内容和相关法律法规的规定来判断。毕业生在做出决定前，应充分了解自己的权利和义务，并谨慎考虑可能产生的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。