受贿40万且事发后主动退赃的，纪委、检察院和法院会根据具体情节分别处理，但总体会因主动退赃情节从轻或减轻处罚。具体分析如下：

1. 纪委的处理：

   • 立案审查：纪委首先会对涉嫌受贿的行为进行立案审查，调查核实相关事实，包括受贿的金额、情节、是否主动退赃等。
   • 党纪处分：如果确认存在受贿行为，且金额达到40万，这通常属于数额较大的范畴，纪委将依据《中国共产党纪律处分条例》给予相应的党纪处分，如开除党籍等。但主动退赃会作为一个重要的从轻情节在处分时予以考虑。
   • 移送司法：在党纪处分的同时或之后，纪委会将案件移送至检察院，由检察院依法进行刑事立案侦查。

2. 检察院的处理：

   • 刑事立案侦查：检察院在接到纪委移送的案件后，会进行刑事立案侦查，进一步收集证据，确认犯罪事实。
   • 审查起诉：如果证据确凿，检察院会向法院提起公诉，指控犯罪嫌疑人犯有受贿罪。在提起公诉时，检察院会考虑犯罪嫌疑人的认罪态度、是否主动退赃等情节，提出相应的量刑建议。
   • 量刑建议中的从轻情节：主动退赃是检察院在提出量刑建议时会重点考虑的从轻情节之一。根据相关法律规定和司法实践，主动退赃通常会被视为犯罪嫌疑人有悔罪表现，从而在量刑时予以从轻或减轻处罚。

3. 法院的处理：

   • 开庭审理：法院在接到检察院的起诉书后，会安排开庭审理，听取控辩双方的意见和证据。
   • 量刑判决：在量刑时，法院会综合考虑犯罪嫌疑人的犯罪情节、认罪态度、是否主动退赃等因素。对于受贿40万且主动退赃的犯罪嫌疑人，法院可能会根据具体情况在法定刑幅度内从轻或减轻处罚。但需要注意的是，即使从轻或减轻处罚，由于受贿金额较大，犯罪嫌疑人仍可能面临较重的刑罚，如有期徒刑等。
   • 判决执行：法院作出判决后，如果犯罪嫌疑人不上诉或抗诉，判决将生效并执行。如果犯罪嫌疑人被判处有期徒刑等刑罚，将需要服刑并接受改造。

特殊情形：

• 如果犯罪嫌疑人在受贿后、被立案前主动退赃，且退赃行为被认定为真诚悔罪的表现，那么在量刑时可能会得到更大的从轻幅度。
• 如果犯罪嫌疑人还有其他立功表现或自首情节等，也可能在量刑时得到进一步的从轻或减轻处罚。

行动建议：

• 如果您或您身边的人涉及此类情况，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解法律后果和应对策略。
• 主动退赃是表明悔罪态度的重要方式，但应在法律允许的范围内进行，并确保退赃行为的合法性和有效性。
• 在整个法律程序中，应积极配合纪委、检察院和法院的工作，如实陈述事实，提供证据，以便争取从轻或减轻处罚的机会。