工厂停工三年以上，土地的所有权并不因此发生改变，土地的所有权仍归原土地所有者所有。以下是从不同角度的详细分析：
土地所有权的基本原则：
- 在我国，土地所有权分为国家所有和集体所有两种形式。工厂所占用的土地，无论是国有土地还是集体土地，其所有权在工厂停工期间并不会发生转移。工厂停工只是工厂经营状态的一种变化，并不影响土地的所有权归属。
工厂停工与土地使用权的关系：
- 工厂停工可能涉及土地使用权的暂时闲置或变更。如果工厂是租赁土地进行生产的，停工可能导致租赁合同的终止或变更，但土地的所有权仍然属于出租方。如果工厂拥有土地的使用权（如通过出让、划拨等方式取得），停工并不直接导致土地使用权的丧失，除非存在违反土地管理法规或合同约定的情形。
土地闲置的法律规定：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地闲置达到一定期限的，可能会面临政府部门的处罚或收回。但这里的“收回”是指土地使用权，而非土地所有权。政府收回闲置土地使用权后，可能会重新安排使用，但土地的所有权仍然属于原所有者。
特殊情况下的土地处理：
- 在某些特殊情况下，如工厂因破产、清算等原因导致土地使用权被依法转让或拍卖，土地的使用权可能会发生变更。但即便如此，土地的所有权仍然不会改变，只是使用权从一方转移到另一方。
建议与行动指南：
- 如果您是工厂的所有者或经营者，面对工厂停工的情况，应首先了解土地使用权的状况，包括租赁合同、土地出让合同等，确保自己的权益不受损害。
- 如果您担心土地闲置可能带来的法律风险，可以主动与政府部门沟通，了解相关政策，寻求合理的解决方案，如申请延期开发、转让土地使用权等。
- 如果您对土地所有权或使用权的具体问题存在疑问，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。
总之，工厂停工三年以上并不会导致土地所有权的改变。在处理相关问题时，应重点关注土地使用权的状况，并遵守相关法律法规的规定。